分子層面對生物的研究耀盗，在個體水平上主要是看單個基因的變化以及全轉錄本的變化（RNA-seq）；在對個體的研究的基礎上艇炎，開始了群體水平的研究。如果說常規(guī)的遺傳學主要的研究對象是...
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群體遺傳學與重測序分析 -
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群體適應性分析——選擇信號●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中虹脯，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低驴娃、連鎖不平衡等選擇印記⊙●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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都8102年了，還用fastq-dump镶柱，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件[http://www.reibang.com/p/a8d70b66794c]婆硬， 詳細介紹了fastq-dump的用法...
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轉錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件奸例，如進化樹分析、...
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評估BUSCO - 組裝質(zhì)量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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全長轉錄本SSR預測
SSR-簡單重復序列預測（MISA） MISA是使用 perl 編寫的一支程序查吊，能識別出序列中的微衛(wèi)星和復合微衛(wèi)星（兩個微衛(wèi)星之間由由不多于100bp的堿基對隔開）谐区，并給出其...
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全長轉錄本結構分析（下）
作者：Arno審稿：童蒙編輯：angelica 前面我們介紹了PacBio三代全長轉錄組測序相關的全長轉錄本鑒定、全長轉錄本比對逻卖、全長轉錄本結構分析上篇宋列。 今天我們繼續(xù)介紹包...
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使用DSS做差異甲基化區(qū)域（DMR分析）
DSS是一個可用于做RNA-seq差異表達分析或甲基化差異分析的R包，在做差異甲基化分析時评也，DSS對每個CpG進行統(tǒng)計檢驗炼杖，然后根據(jù)我們指定的閾值可以篩選出差異甲基化位點（d...
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基因組組裝—SOAPdenovo2的使用一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件盗迟，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖坤邪。SOAPdenovo主要用于大型植物和動物基因組的組裝...
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用ANNOVAR自建數(shù)據(jù)庫注釋基因組
annovar簡介 在我們做重測序，或者比較基因組學分析的時候罚缕，我們往往在call snp或者indel的時候艇纺，需要對我們的變異位點進行注釋，而annovar官網(wǎng)提供的注釋庫...
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三代測序技術：納米孔測序簡介 官網(wǎng)：https://nanoporetech.com/[https://nanoporetech.com/] 優(yōu)勢如下： Direct sequencing of n...
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jellyfish:快速計算kmer分布
歡迎關注"生信修煉手冊"渣锦！ jellyfish可以統(tǒng)計DNA序列中Kmer的分布硝岗，它運行速度快，內(nèi)存消耗低袋毙，支持并行型檀，是最常用的kmer統(tǒng)計軟件之一。 官網(wǎng)如下： http:...
