一些生物信息學(xué)用到的軟件,工具兔院,介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章
?? 測序組裝使用的Spades殖卑、canu等等
?? 序列比對比如blast、bowtie秆乳、diamond等
?? 多序列比對比如mega、clustalW钻哩、matff等
?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools屹堰、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS、MISO
?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版
?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree街氢、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL扯键、OrthoFinder等
?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等
?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o珊肃、QIMME
?? 測序質(zhì)量評估的FastQC荣刑、BUSCO、QUAST
?? 可視化工具比如IGV伦乔、3D Genome
?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit厉亏、ascp等
?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos
等等