更多內(nèi)容請訪問個人公眾號---KS科研分享與服務(wù)--- 接上節(jié)（跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(二):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序文件的讀入及Seurat對象構(gòu)建[http://mp.w...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(三):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)控（QC）及合并去除批次效應(yīng)
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R 實(shí)現(xiàn)方差分析
對于組數(shù)高于2組的，t檢驗(yàn)不再適用，這時，方差分析適用 單因子方差分析（one-way ANOVA）We use the data,cholesterol,作為例子 完全隨機(jī)...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實(shí)戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡(luò)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊贫奠，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法...
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用cytoscape畫網(wǎng)絡(luò)圖經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡(luò)圖，偶也想自己畫一個呢躺同，但是不會咋整呢？ 別急丸逸，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡(luò)圖蹋艺！ 看一遍就會啦。黄刚。捎谨。還不會！那就多看幾遍哈...
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Cytoscape作蛋白互作PPI圖由于之前提到軟件版本的問題憔维，所以以下分享是基于Cytoscape3.7.2的~ step1：導(dǎo)入string_interactions.tsv 文件涛救，法1：load； 法2：...
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已經(jīng)做完GO enrichment,例如david結(jié)果, ggplot2可視化有一些已經(jīng)做完了GO enrichment, 得到了結(jié)果业扒，才發(fā)現(xiàn)很多軟件都是直接給gene list做富集检吆。如果已經(jīng)完成分析，照樣可以畫圖程储，代碼如下： 原始文件示例：Anno...
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID蹭沛、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦章鲤，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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2019-11-12 聽課筆記之蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法概述（下）轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/169.html 寫在前面從10月底開始摊灭，由克里克學(xué)院與康昱盛主辦的蛋白質(zhì)組學(xué)網(wǎng)絡(luò)大課堂正式開班了，整個課程由...
