轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組栈暇，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)渐夸。轉(zhuǎn)錄...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型 -
scRNA-Seq | 單細(xì)胞功能注釋和富集分析(GO嗤锉、KEGG、GSEA)一墓塌、多個(gè)亞群各自marker基因聯(lián)合進(jìn)行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個(gè)細(xì)胞亞群的 marker 基因瘟忱，接下來我們對這些marker基因進(jìn)行功能注釋和富集分析...
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ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記11:鑒定Marker峰系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.reibang.com/p/a2bcdfb77961]A...
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Seurat中FindMarker尋找兩個(gè)cell type差異基因的若干方法加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計(jì)算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcodes（即每一個(gè)單獨(dú)的細(xì)胞）對象...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之NMF尋找轉(zhuǎn)錄programshello，大家好苫幢，今天我們分享的內(nèi)容來自文章Spatially organized multicellular immune hubs in human colorecta...
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scCustomize：自定義可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)（二）簡介 scCustomize是一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化的R包访诱，里面集合了一些常用的數(shù)據(jù)可視化方法，可以與Seurat包進(jìn)行很好的聯(lián)用韩肝，支持Seurat触菜，LIGER和SCE等...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之CellChathello，大家好哀峻，今天我們來分享一下細(xì)胞通訊的文章CellChat涡相，其實(shí)有關(guān)這個(gè)軟件已經(jīng)有了很多的文章來介紹了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊過一次剩蟀，當(dāng)時(shí)感...
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iTALK---單細(xì)胞受配體互作分析及可視化（詳細(xì)版教程）今天我們說一說另外一種---iTALK催蝗，iTALK也在很多文章中出現(xiàn)過，原理是基于受配體平均表達(dá)量育特。它有兩個(gè)優(yōu)點(diǎn)丙号，第一是可以比較差異受配體，第二是可視化比較好缰冤，我們可以借用借...
