適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.reibang.com/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進行可視化爪膊，...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細胞類型轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組潭陪，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) 牵寺，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過程的一類蛋白質(zhì)槐沼。轉(zhuǎn)錄...
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手把手教你做單細胞測序數(shù)據(jù)分析（六）——組間差異分析及可視化往期回顧： 在前面的課程中我們已經(jīng)進行過“單樣本數(shù)據(jù)分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖瞧挤、分組/分面柱狀圖闷沥、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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尋找差異基因到底使用哪個？FindMarkers庄撮、FindallMarkers 背捌、 findconservedmarkers 、還是 PrepSCTFindMarkers
Q： 得到的差異基因和保守基因洞斯，用哪個作為 marker 基因好毡庆？ / FindallMarkers 和findconservedmarkers 結(jié)果上有什么區(qū)別嗎坑赡？ A： ...
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Seurat之整合分析（1）前面也說過用CCA，SCTransform和Harmony等可以消除多個數(shù)據(jù)的批次效應(yīng)么抗，來實現(xiàn)多組數(shù)據(jù)的整合毅否。但有時候我們會遇到兩個datasets只有部分重疊，這和之前介紹...
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如何使用 Seurat 分析單細胞測序數(shù)據(jù)（ Q&A
1. 關(guān)于 QC Q：過濾線粒體基因是去除低質(zhì)量 cell蝇刀，核糖體基因用過濾嗎螟加？ A： Seurat 教程中沒有提到用核糖體基因的 UMI 含量來過濾細胞，我看到的文獻中基本...
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學(xué)習(xí)小分隊分享單細胞文章復(fù)現(xiàn)吞琐，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享捆探。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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華大測序儀原理首先華大沒有給我塞錢，最近有用華大的測序站粟，就學(xué)習(xí)了一下黍图。 華大的測序技術(shù)起源于 CG(Complete Genomics) 的 cPAL(combinatorial Prob...
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單細胞細胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀，但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大奴烙，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個助被，我的...
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波屯搬磚ing
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【單細胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認識Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式揩环，單細胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)趾牧， 內(nèi)容構(gòu)成检盼，對象的調(diào)用肯污、操作翘单，常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細胞seu...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段時間一直在用cellranger count進行單細胞測序數(shù)據(jù)的處理蹦渣，不得不說Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細胞數(shù)據(jù)處理工具哄芜，功能還是很強大的...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后柬唯，還需要進行scale標準化认臊。ScaleData()[http...
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We'll do whatever just to stay alive.
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Cell Type annotation---SCSA篇和前面的scCATCH一樣失晴，SCSA（https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/SCSA）也是基于已知marker gene進行打分的注釋方法...
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Seurat使用（第一坑）續(xù)集
昨天頭疼了大半天的報錯問題報錯如下： 查遍了資料，無果拘央。 結(jié)果發(fā)現(xiàn)我的路徑里面含有中文涂屁，數(shù)據(jù)就無法載入！可是我下載的網(wǎng)上的GSE數(shù)據(jù)灰伟，路徑無論是中文還是英文都沒問題呀拆又！而且R...
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cellranger count使用1帖族、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件栈源，那么就直接上cellranger count。氮素竖般，如果你是I1/R1/R2的數(shù)據(jù)甚垦，那就麻煩還要跑個cellranger m...
