不好意思沐寺，剛剛看見牲览，希望你的問題已經(jīng)解決了挠羔。我直接用cell ranger的output得到的bam井仰。
scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element關(guān)鍵詞：Transposable Element；ERV內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒破加；單細(xì)胞測序分析俱恶；Seurat；scTE范舀。 背景： 采用scTE對10X 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行TE定量合是，...
關(guān)鍵詞：Transposable Element；ERV內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒锭环；單細(xì)胞測序分析聪全；Seurat；scTE辅辩。 背景： 采用scTE對10X 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行TE定量难礼，...
這個是 scVelo嗎娃圆？
scVelo計算RNA速率一.導(dǎo)入需要的文件 需要的文件：由R里面對Seurat對象的數(shù)據(jù)導(dǎo)出的1.velocyto pipeline 跑出來的loom文件2.細(xì)胞名字文件3.細(xì)胞屬于的類群4.細(xì)胞坐...
應(yīng)該是可以的稚机，Nextera 用到的Tn5 是野生型Tn5 轉(zhuǎn)座酶的高活性突變體幕帆，更高效而已。
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在準(zhǔn)備NGS文庫的時候赖条，會有用到轉(zhuǎn)座酶Tn5失乾，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到這個Tn5纬乍。轉(zhuǎn)座酶攜帶有特...
Nature | ENOCDE3 系列 小鼠胎兒發(fā)育中的時空DNA甲基化動態(tài)解析 日期：2020年7月29日雜志：Nature雜志影響因子：42.778原文標(biāo)題：Spatio...
本次給學(xué)徒講解的文章是 :The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos...
@繡嶺子 有時候可能是他們在更新绅喉，現(xiàn)在可以了嗎渠鸽？可以給簡書后臺留言。
簡書無法連接服務(wù)器bug 嗎柴罐？（坐標(biāo)橫濱）今天一下午 簡書連接不上徽缚，網(wǎng)頁打不開，雖然這個聽起來是個很常見問題革屠。就好比國內(nèi)飛機(jī)晚點凿试。有可能是服務(wù)器維護(hù)，如果是維護(hù)得提前通知一聲才對似芝！沒有那婉，所以就...
原文：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-1931-9 作者: runup...
單細(xì)胞測序count table QC要filter 掉low quality cells（columns）比如：cells with fewer than 500 dete...
