jlyq617

遇到了一個(gè)16S的課題，于是開(kāi)始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別氧急，順手整理一下。 擴(kuò)增子測(cè)序和鳥槍法測(cè)序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見(jiàn)的研究手段毫深。盡管鳥槍法測(cè)序可以為我們提供更高分辨...

獨(dú)孤伽羅

在實(shí)驗(yàn)室中吩坝，我們經(jīng)常需要對(duì)分子生物學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，常見(jiàn)的有DNA和蛋白質(zhì)分子序列比對(duì)哑蔫。分子序列比對(duì)分為全局序列比對(duì)和局部序列比對(duì)兩種情況钉寝。其具體算法我們將在以后的文章中詳細(xì)介...

石博士

轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳教程（SRA） 為什么要上傳 我們?cè)谕陡逯岸家褦?shù)據(jù)上傳才能發(fā)表。但是闸迷，數(shù)據(jù)上傳如果不知道一些套路的話嵌纲，會(huì)很麻煩。筆者曾經(jīng)在博士期間被轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上傳弄得焦頭爛...

纖蹄馬

建議大家把數(shù)據(jù)上傳到我們自己的數(shù)據(jù)庫(kù)（http://bigd.big.ac.cn/）稿黍，支持國(guó)產(chǎn)疹瘦。由于我的數(shù)據(jù)太差了，還是傳到NCBI吧~ 第一步：打開(kāi)NCBI主頁(yè)巡球，如下圖 第...

生信學(xué)習(xí)者2

phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器 phyloseq包對(duì)多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件言沐，并其對(duì)這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計(jì)分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)分析的主要挑戰(zhàn)之一是如何整合不...

GPZ_Lab

本次筆記內(nèi)容：qiime2-2019.1的16s分析流程酣栈，以沒(méi)有barcode险胰，以demultiplexed的fastq文件為input.同微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小...

你猜我菜不菜

這部分教程依然來(lái)自Happy Belly Bioinformatics網(wǎng)站, 主要學(xué)習(xí)一下使用DADA2獲得ASVs數(shù)據(jù)之后的進(jìn)一步分析矿筝。譬如起便，微生物群落多樣性，樣品間的微生...

xuwenpku

作圖思路 首先要設(shè)計(jì)好需要作圖類型窖维。我展示組與組之間比較某一指標(biāo)的差異的情況比較多榆综，這個(gè)一般選用箱圖。但是為了表達(dá)更多的信息铸史，有時(shí)也會(huì)把單個(gè)數(shù)據(jù)以點(diǎn)圖的形式疊加展示出來(lái)鼻疮。 一...