北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
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命令conda install -c bioconda deepvariant=1.4
裝軟件裝到自閉之DeepVariant
DeepVariant安裝 官方首推用docker裝绍在，沒(méi)有root權(quán)限裝個(gè)錘子；然后是從源碼裝崔列，源碼是基于Ubuntu的让禀，我用的是CentOS；實(shí)在不行就用二進(jìn)制文件裝庙洼，我菜...
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安裝deepvariant時(shí)顿痪，出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)信息：UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:
Output in format: Requested package -> Available versionsThe following specifications were found to be incompatible with your system:
- feature:/linux-64::__glibc==2.18=0
- python=3.6 -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
Your installed version is: 2.18裝軟件裝到自閉之DeepVariant
DeepVariant安裝 官方首推用docker裝，沒(méi)有root權(quán)限裝個(gè)錘子油够；然后是從源碼裝蚁袭，源碼是基于Ubuntu的，我用的是CentOS石咬；實(shí)在不行就用二進(jìn)制文件裝揩悄，我菜...
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@精神禿頭生信小伙兒 可以镇匀！
Python3 提取CDS
根據(jù)物種基因組和注釋文件，可以編寫(xiě)腳本袜啃，提取特殊的序列結(jié)構(gòu)汗侵，完成個(gè)性化的分析。本文利用Python3提取擬南芥的最長(zhǎng)編碼序列群发，并轉(zhuǎn)化為氨基酸序列輸出到文件中晰韵。 基因結(jié)構(gòu) 參考...
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ctrl + z 進(jìn)入后臺(tái)
使用linux系統(tǒng)lftp軟件只恨，下載EnsemblePlants基因組數(shù)據(jù)庫(kù)
EnsemblePlants植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)有直接的FTP服務(wù)器本教程教你如何使用著名的lftp包下載這一大型數(shù)據(jù)庫(kù)第一步译仗，安裝lftp相關(guān)包 第二步，運(yùn)行l(wèi)ftp 第三步官觅，...
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@精神禿頭生信小伙兒 我數(shù)據(jù)沒(méi)有假基因的情況 所以忽略了纵菌。謝謝 小伙兒
Python3 提取CDS
根據(jù)物種基因組和注釋文件，可以編寫(xiě)腳本休涤，提取特殊的序列結(jié)構(gòu)咱圆，完成個(gè)性化的分析。本文利用Python3提取擬南芥的最長(zhǎng)編碼序列功氨，并轉(zhuǎn)化為氨基酸序列輸出到文件中序苏。 基因結(jié)構(gòu) 參考...
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遺傳學(xué) 博士研究生在讀
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Interproscan注釋結(jié)果有9條，包含多種數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋虐译，不同數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果也不盡相同瘪板，如何解讀interproscna的注釋結(jié)果啊 ？謝謝
interpro 注釋結(jié)果簡(jiǎn)單分析及可視化
Interpro數(shù)據(jù)庫(kù) Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫(kù)劲件， Interpro數(shù)據(jù)庫(kù)成員包括Coils 、Gene3D贱案、Pfam...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件
前幾天魏身，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列惊橱。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題箭昵。...
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@Mr_我愛(ài)讀文獻(xiàn) 所以還是通過(guò)多序列比對(duì)和剪切aa税朴，然后轉(zhuǎn)化成cds的比對(duì)，再用paml分析家制，這個(gè)流程吧
學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件
前幾天正林，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析颤殴，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題觅廓。...
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做正選擇分析時(shí)，可以使用mafft對(duì)cds進(jìn)行多序列比對(duì)嗎涵但？如何避免比對(duì)過(guò)程發(fā)生移碼杈绸？
學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件
前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列矮瘟。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析瞳脓，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題。...
