前言 很多時(shí)候感挥，我們分析完差異表達(dá)基因后凌唬，發(fā)現(xiàn)會(huì)得到一大堆差異基因少态，常見(jiàn)的做法有降低Pvalue的閾值冻璃，挑選fold-change最大的基因蒙幻，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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用隨機(jī)森林算法進(jìn)一步篩選差異表達(dá)基因 -
使用python機(jī)器學(xué)習(xí)（五）-scikit-learn解決機(jī)器學(xué)習(xí)問(wèn)題从撼，最困難的部分通常是找到合適的算法模型怜森，不同的算法模型適合于不同類數(shù)據(jù)和不同的問(wèn)題殿雪。scikit-learn提供的主要功能就是主要關(guān)注數(shù)據(jù)建模暇咆，而非加載、操作...
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bedtools intersect簡(jiǎn)單介紹整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具丙曙。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹爸业。 一般而言，我們獲得了MACS的peak calling結(jié)果時(shí)亏镰，我們會(huì)想探...
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基因家族的鑒定-基于windows系統(tǒng)上的本地blast基因家族的鑒定-基于windows系統(tǒng)上的本地blast 基因組的序列提取扯旷，詳情請(qǐng)看我之前的教程http://www.reibang.com/p/211a262aebc4[...
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RNA-seq分析（四）pathway analysis1. Gene_ID轉(zhuǎn)換 手動(dòng)把差異表格中基因那一列（如gene-Q0020，gene-替換掉 ）索抓，在gene_id那一列加上列名ENSEMBL钧忽，另存為csv格式再上傳至服務(wù)...
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19.大麥不同基因版本id轉(zhuǎn)化方法一、 少數(shù)基因可以利用網(wǎng)站直接進(jìn)行替換 主要用的網(wǎng)站ensemble plant Hordeum_vulgare - Ensembl Genomes 53[https:/...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutorial）20210313更新版
時(shí)隔一年多逼肯，于今日（20210313）再次更新教程耸黑，后續(xù)如果新出教程的話會(huì)一直更新。 同時(shí)感謝多年陪伴我成長(zhǎng)汉矿、一直默默關(guān)注我的「你們」~ by 「橙子牛奶糖（陳文燕）」 1....
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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)及GO注釋從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控崎坊、比對(duì)，到calling snp獲得vcf文件這一步洲拇，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程奈揍，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
