前面已經(jīng)說了很多的基礎(chǔ)概念和分析算法，但是大家應(yīng)該注意到了，前面的分析都限制在TCRαβ序列旋廷，分析還是具有一定的限制性，今天我們稍微做一下擴展挠他，優(yōu)化TCR分析距離的同時簿训，分析...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）TCR數(shù)據(jù)分析之TCRdist3(4) -
WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建骇径，下面是將基因模塊與性狀進行關(guān)聯(lián)假残，從而識別與表型相關(guān)的重要基因缭贡。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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CIBERSORT 免疫浸潤1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly, all expression data should be non-negative, ...
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基于血管生成相關(guān)基因建立風險模型以及ceRNA網(wǎng)絡(luò)Identification of Angiogenesis-Related Prognostic Biomarkers Associated With Immune Cel...
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一篇WGCNA文章復(fù)現(xiàn)-GSE85589-下集
前面由于對miRNA的探針數(shù)目沒有正確的理解炉擅，以為數(shù)據(jù)一直沒有下載完全辉懒，折騰了一番。后來經(jīng)老大jimmy提醒了谍失，miRNA有2000左右的探針就是正常的呀眶俩。所以就可以愉快地繼...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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24-基于免疫相關(guān)基因構(gòu)建肝癌免疫預(yù)后模型（IPM）一.研究背景 眾所周知快鱼，TP53突變是肝細胞癌（HCC）中最常見的突變颠印，它影響著HCC的進展和預(yù)后。盡管TP53突變在HCC患者預(yù)后中的致病作用已被充分證實抹竹，但其對HCC免疫...
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GSEA和GSVA线罕，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了窃判。那么以后想做G...
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timeROC的升級版全面解讀之前的timeROC曲線圖在：(本來這里應(yīng)該有個鏈接钞楼，可是已經(jīng)被封了，又不讓放別的平臺的鏈接袄琳，所以放不了了询件。)剛剛對它進行了一點調(diào)整和升級。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列唆樊，生存時...
