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MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹如何用MEGA-X構(gòu)建進(jìn)化樹_生物研究_實(shí)用技巧_科研星球 (51xxziyuan.com)[https://www.51xxziyuan.com/54/1152.html]...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree腾务，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
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在線和本地兩種方法構(gòu)建 RAxML 進(jìn)化樹方法和解讀1：在線構(gòu)建RAxML樹 1. CIPRES網(wǎng)站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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Knock in 隨實(shí)驗(yàn)進(jìn)程增添內(nèi)容Knock in 后期要用到KI技術(shù)，現(xiàn)在先敲入一個(gè)熒光練手 目標(biāo) 細(xì)胞：HEK293細(xì)胞 基因：GAPDH基因 改為ActB（原因見下） 選擇標(biāo)記：mNeonGreen（原...
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【R語(yǔ)言】dplyr對(duì)數(shù)據(jù)分組取各組前幾行前面我們介紹過GO富集分析和結(jié)果可視化 1.GO和KEGG富集分析視頻講解[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin...
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基因組注釋文件（二）| gff 和 gtf文件格式說明
簡(jiǎn)介 GFF和GTF是兩種最常用的基因組注釋格式漆诽，在信息分析中建庫(kù)時(shí)除了需要fasta文件一般還會(huì)需要這兩種文件，提取需要的信息進(jìn)行注釋锣枝。 一厢拭、GFF GFF(General...
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本地blast使用技巧之repeat mask
Introduction blast是目前使用最為廣泛、接受度最高的一個(gè)序列比對(duì)軟件撇叁。尤其適用于尋找兩條序列之間最為相似的片段供鸠，以及對(duì)大型核酸或氨基酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索。我們?cè)?..
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MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候陨闹，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度楞捂，所以一般都是逐個(gè)基因的比較薄坏，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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SAMtools——bam文件合并
當(dāng)存在多個(gè)樣本的bam文件時(shí)，可以通過SAMtools的merge命令實(shí)現(xiàn)寨闹。 官方說明書：http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.h...
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R二維坐標(biāo)軸繪圖-軸和刻度BTW胶坠，開始嘗試用Markdown。 下面的例子實(shí)現(xiàn)之前鼻忠，需要在R中首先輸入一些數(shù)據(jù)涵但。本例采用最簡(jiǎn)單的散點(diǎn)數(shù)據(jù)，輸入如下代碼后帖蔓，得到散點(diǎn)的x與y坐標(biāo)值矮瘟。 x <- c(0,1...
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IGV-GSAman | 多少人夢(mèng)寐以求的tools?寫在前面 Emmm珍特，估摸著也有一個(gè)來星期沒更新祝峻。TBtools？也沒怎么更新扎筒±痴遥總的來說，就一個(gè)情況：太忙嗜桌，沒時(shí)間奥溺。但是想來想去，國(guó)慶長(zhǎng)假還是要做一點(diǎn)平時(shí)想做骨宠，卻又沒時(shí)間做的事...
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【必學(xué)Bioconductor包300個(gè)】GenomicRanges導(dǎo)航：A. 簡(jiǎn)介B. 操作An Introduction to the GenomicRanges PackageC. 常見問題Biostars A. 簡(jiǎn)介 The Geno...
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跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象劉小澤寫于2020.8.5今天跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象 1 前言 內(nèi)容來自：https://bioconductor.org/packages/release...
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轉(zhuǎn)錄因子詳細(xì)介紹(motif)TF: transcription factor轉(zhuǎn)錄因子TFBS: transcription factor binding site轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)TFBS是序列內(nèi)的loc...
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TFBSTools 鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)
Transcription Factor Binding Sites (TFBSs), 為一R包浮定，可用于鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。具體可查看說明 安裝所需包 所需數(shù)據(jù) 位置權(quán)重文...
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CRISPR-Cas9基因編輯3--sgRNA-Cas9質(zhì)粒構(gòu)建簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）[http://www.reibang.com/p/e5c...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書推送层亿，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”壶唤。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平棕所，蛋白的保守性很...
