前面的文章請看： TBtools進行序列提取[http://www.reibang.com/p/211a262aebc4]；基因家族的鑒定blast[https://www...
發(fā)簡信
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一文解決Windows系統(tǒng)上的R述暂、Rtools祟昭、Rstudio的安裝叛甫，鏡像設(shè)置和BiocManager等R包的安裝。 -
理解autodock分子對接思路和流程
總結(jié) 準備工作： 設(shè)置工作目錄，用pymol去除水分子，分離蛋白和小分子偶摔，得到各自的pdb文件。 （如果是預(yù)測得到的蛋白pdb促脉，那就直接拿來用咯辰斋，如果是已知結(jié)構(gòu)可從pdb數(shù)據(jù)...
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生物信息學從零開始學（5）——蛋白質(zhì)-小分子分子對接詳細步驟（docking）疊合兩個蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu) 蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的比對 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)比對就是對蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)的相似性進行比較。 可用于探索蛋白質(zhì)進化及同源關(guān)系 改進序列比對的精度 改進蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)...
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通過GSVA與相關(guān)性分析尋找目的基因的相關(guān)通路
最近幫師弟做一個GSVA分析瘸味，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)忘的差不多了宫仗，順便整理一下吧。 基因集變異分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以將一個基因表達矩...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘基本流程與代碼
寫在前面：本文內(nèi)容出自生信技能樹的生信入門系列課程筆記旁仿，感謝小潔老師藕夫、Jimmy老師的分享。 GEO數(shù)據(jù)挖掘分析思路：1.找數(shù)據(jù)枯冈，找到GSE編號2.下載數(shù)據(jù)（表達矩陣毅贮、臨床信...
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單細胞亞群差異基因火山圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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基因相關(guān)性的計算在單細胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機制[http://www.reibang.com/p/f270b9431427]里面看到計算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫的是這樣做...
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使用cellchat進行細胞間通訊分析
安裝R包 如果安裝不成功，可能是1.You might need to manually intall the dependencies ComplexHeatmap usi...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異尘奏，因此滩褥，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
