一 ：hisat2流程 HISAT2安裝及使用[https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52527205] hisat2...
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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小麥BSRseq -
如何用WGDI進行共線性分析(上)多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍化現象存在于大部分的物種中, 是物種進化的重要動力。如果一個物種在演化過程中發(fā)生過多倍化撇叁，那么在基因組上就會存在一些共線性區(qū)域（即兩個區(qū)域之間的...
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如何用WGDI進行共線性分析(中)
Ks可視化 我們在上一篇如何用WGDI進行共線性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative-genome-analysi...
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如何用WGDI進行共線性分析(下)
在上一篇教程的最后，我寫道「我們能夠更加直觀的觀察到2個peak豫柬，基本確定2個多倍化事件」。這里就引出了一個問題扑浸，為什么我們可以根據peak來推斷多倍化時間烧给？在Lynch和C...
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@NICE_AGIS 隨著時間的表達量變化？
Mfuzz進行時序表達聚類分析（Mac）
懶癌的我全靠Jimmy催著學習喝噪，4月份答應交這份作業(yè)的础嫡，離中間被催又過了一個多月，今天完成啦酝惧。 數據來源： 擬南芥RNA-seq轉錄組分析-salmon（Mac版）上游分析為...
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請問您的GATK用的是3還是4榴鼎？
4中合并gvcf的variant不能用多個變量了BSR-(RNA-seq)數據進行BSR分析
使用工具GATK4。GATK基礎RNA-seq分析完整版BSR參考GATK官方RNA-seq calling流程最新版的BSR分析流程流程參考WT 3個單株晚唇，混池巫财。三個技術重...
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@徐洲更hoptop 不同的比對軟件生成的頭文件是否相同（比如：hisat2和bwa）？我做BSRseq用hisat2比對哩陕，在用gatk4進行markduplicate的時候報錯說我的sam頭文件有問題平项。
SAMtools: SAM格式的處理利器
SAM及其相關工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯配數據的格式赫舒。無論是重測序，還是轉錄組闽瓢，還是表觀組接癌，...
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我沒做過缺猛，不知道呢。不好意思哈
WGS分析用breakdancer找染色體結構變異
結構變異(structural variants届谈，SV)結構變異類型:通過pair-ends分析鑒定---插入(Insertion)---缺失(Deletion)---缺失插...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所傳遞的信息在GWAS研究中枯夜，Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖弯汰，它們可以把跟研究的性狀（比如艰山，基因型和身高）顯著相關的基因位點清晰地展現出來，不少讀者朋友應該...
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sam轉bam文件報錯
在做BWA比對到參考基因組后咏闪，得到sam文件曙搬，在進行sam轉bam時候遇到一個報錯： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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隨筆記錄纵装，方便查找；<br>歡迎掃碼交流
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轉錄組從下機數據到GO据某、kegg橡娄、GSEA
所有的命令粘貼于此，用于快速完成分析任務癣籽。具體軟件參數挽唉，見 轉錄組全新學習之總篇 clusterProfiler小試牛刀
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跨物種比較（同源基因）
Homolog genes 同源基因是來自一個共同個祖先DNA序列的genes。不同物種中的同源基因指的是直系同源基因（rotholog genes筷狼，例如從一個共同祖先基因因...
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西北農林科技大學食品研究生
