Sherlocklock

用 conda install 安裝包的時(shí)候遇到了如上的報(bào)錯(cuò)，stackoverflow 上已經(jīng)有人問過相同問題[https://stackoverflow.com/ques...

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@鞏翔宇I(lǐng)brahimovic 謝謝您的回復(fù)。不過我是從 RAP 轉(zhuǎn) Entrez镶奉，而不是 MSU础淤，您說的方法這一回可能用不到。關(guān)于缺失的問題哨苛，謝謝您提供的思路鸽凶，我會照您說的檢查一下。另外建峭，這幾天我在 biostars 搜到了關(guān)于 Ensembl-Ids Vs. Entrez-Ids 的問答（https://www.biostars.org/p/16505/）玻侥，提問者與我的困惑相同，Entrez 和 Ensembl 官方作了解釋迹缀，大意是說兩個(gè)編號系統(tǒng)并非一一匹配使碾，所以配不上很正常蜜徽，也有您提到的那些原因。接下來我會再看一下我用的 R 包調(diào)用的注釋數(shù)據(jù)庫的來源和版本票摇。

[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充

水稻的基因號大致分為兩類拘鞋，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”矢门，另一類是MSU號盆色，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)祟剔，需要...

鞏翔宇I(lǐng)brahimovic

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Sherlocklock

你好物延，我接觸生物信息學(xué)不久宣旱，在做富集分析時(shí)需要把水稻基因從 RAP 格式轉(zhuǎn)為 Entrez 格式，但我發(fā)現(xiàn)用 biomaRt （對應(yīng) ensembl 數(shù)據(jù)庫）匹配到的結(jié)果和用 AnnotationHub 里的水稻 OrgDb 匹配到的結(jié)果數(shù)量不一樣叛薯，后者匹配到的基因更多（但兩種方法各有一半浑吟、三成的缺失）。這個(gè)現(xiàn)象讓我很困惑耗溜，不知道有沒有匹配率更高的水稻 ID 轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)庫组力？以及在缺失率這么高的情況下，繼續(xù)做富集分析的結(jié)果可靠嗎抖拴？

[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充

水稻的基因號大致分為兩類燎字，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”阿宅，另一類是MSU號候衍，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)家夺，需要...

鞏翔宇I(lǐng)brahimovic

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概念 FDR欧漱，Q value职抡，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗(yàn)假陽性率的指標(biāo)（False positive rate） ；q value：衡量錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)...

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查看原文 今天驾窟，在學(xué)習(xí) Node.js 中的 Buffer 對象時(shí)，注意到它的 alloc 和 from 方法會默認(rèn)用 UTF-8 編碼认轨，在數(shù)組中每位對應(yīng) 1 字節(jié)的十六進(jìn)制...