結(jié)尾寫了
【單細(xì)胞高級繪圖】11.marker展示_分組氣泡圖忙里偷閑，整理了一套繪圖代碼恶座，代碼300行，效果如上圖所示：其實就是把單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中常見的氣泡圖根據(jù)分組信息展開了，代碼目前適用于分組后level數(shù)目為2/3/4這三種情況臣咖。...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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答讀者問(8)：如何批量查詢marker基因(對應(yīng)的蛋白)會不會在膜上表達？做實驗的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的漱牵，因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證夺蛇。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻，查網(wǎng)站酣胀。我知道的：uniprot刁赦、PDB、the human...
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【單細(xì)胞高級繪圖】11.marker展示_分組氣泡圖忙里偷閑灵临，整理了一套繪圖代碼截型，代碼300行，效果如上圖所示：其實就是把單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中常見的氣泡圖根據(jù)分組信息展開了儒溉，代碼目前適用于分組后level數(shù)目為2/3/4這三種情況宦焦。...
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如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表？相信很多人都有這個疑惑顿涣。 哪些時候需要知道通路的基因列表波闹？舉兩個例子： 在找差異基因這一步，只想針對特定通路的基因去找涛碑【椋可以在找完差異基因后，...
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一個對接CellPhoneDB的R包首先祝大家新年快樂蒲障！新的一年paper多多歹篓，順順利利！ cpplot:Visualize the results of cell-cell communication ana...
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CellPhoneDB三個版本（V2揉阎、V3庄撮、V4）之間的對比
上個月在小組會上做了一期細(xì)胞互作的分享，目前剪了一部分出來毙籽。后續(xù)還有cellchat洞斯、nichenet以及演示的部分，等剪輯好了再發(fā)坑赡。 視頻介紹了CellPhoneDB的： ...
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10套代碼讓你學(xué)會單細(xì)胞高級繪圖
4000+人次獲取代碼 高級繪圖這個系列已經(jīng)出了10期了烙如，最開始的出發(fā)點是想把用過的不錯的代碼整理出來么抗，方便自己也幫助大家。從第1篇300+小伙伴領(lǐng)取代碼亚铁，到第10篇500+...
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【單細(xì)胞高級繪圖】10.KEGG富集結(jié)果的圓圈圖本次教程的figure仍然是讀者求助的圖蝇刀，算得上是kegg富集圖的新流派。據(jù)我的調(diào)查徘溢，該圖應(yīng)該是基迪奧云-平-臺首創(chuàng)(https://www.omicshare.com/to...
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【單細(xì)胞高級繪圖】09.細(xì)胞通訊_兩組比較_連線圖上周一位讀者聯(lián)系我熊泵，讓我?guī)兔Πl(fā)一個繪圖的單子。在朋友圈發(fā)單后甸昏，感興趣的朋友很多顽分，有十幾位還私聊我讓我分享一下代碼，可見大家還是很感興趣的施蜜。不過等了兩天卒蘸，依舊沒有勇士接單，可能...
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【單細(xì)胞高級繪圖】08.細(xì)胞通訊_兩組比較_氣泡圖細(xì)胞通訊分析翻默，我很早之前就寫過缸沃，當(dāng)時詳細(xì)介紹了CellPhoneDB的原理、實操修械、可視化趾牧。單細(xì)胞分析實錄(18): 基于CellPhoneDB的細(xì)胞通訊分析及可視化 (上篇)...
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【單細(xì)胞高級繪圖】06.feature展示這個圖是前兩天剛畫的。箱型圖肯污、散點圖翘单、小提琴圖組合在一起，檔次瞬間上去了蹦渣。 最近修稿過程中哄芜，審稿人提了一個建議，說是在某一張小提琴圖上添加點柬唯，可以更好反映數(shù)據(jù)的分布认臊。我理解他...
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【代碼更新】01.marker展示_聚類和熱圖組合之前寫了4篇單細(xì)胞繪圖的進階代碼，反響還不錯锄奢，每篇都有三四五百人領(lǐng)取代碼： 01.marker展示_聚類和熱圖組合[https://link.zhihu.com/?targe...
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文獻(8): 單細(xì)胞和空間分析揭示FAP+成纖維細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞在結(jié)直腸癌中的相互作用
今天分享的這篇文獻上個月剛發(fā)表在Nature Communications失晴，主要內(nèi)容是結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，揭示了FAP+成纖維細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞的互作拘央，及...
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推薦幾個細(xì)胞注釋網(wǎng)站細(xì)胞注釋是單細(xì)胞分析中很關(guān)鍵的環(huán)節(jié)涂屁，初期會比較痛苦，做多了才會悟出一些規(guī)律堪滨。 我公眾號早期寫過幾篇細(xì)胞注釋相關(guān)的帖子： 單細(xì)胞分析實錄(7): 差異表達分析/細(xì)胞類型注釋 S...
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@FanYang 公粽號回復(fù)
04.兩組比較_差異基因展示
上一節(jié)介紹了兩組比較中如何展示差異基因數(shù)目胯陋，這一節(jié)的內(nèi)容更進了一步蕊温，我造了一種圖袱箱，可以用來表示具體的差異基因遏乔。 想象一下你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)同時包含對照組和實驗組，在做完前期的基礎(chǔ)...
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【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻发笔，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路盟萨。 MIA分析可以用來評估空間上某個...
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@Refrain_9738 可以的
答讀者問(7)：關(guān)于doublet
問題 怎么去doublet？挑選出某一大類做小類降維聚類的時候了讨，有人仍然會檢查一下各種大類marker的表達情況捻激，這一步是否有必要？ 1 最有效的方法還是從上游入手前计，控制細(xì)胞...
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【單細(xì)胞高級繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫的圖是比較新的胞谭，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation，自己想的男杈，非專有名詞)丈屹，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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KEGG通路的從屬/注釋信息如何獲取
富集分析經(jīng)常做，之前只知道GO term有從上到下的層次關(guān)系伶棒，今天才知道KEGG pathway也有類似的分層關(guān)系旺垒。 起因是我準(zhǔn)備更新一下自己的kegg富集結(jié)果展示圖，之前一...
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答讀者問(7)：關(guān)于doublet
問題 怎么去doublet肤无？挑選出某一大類做小類降維聚類的時候先蒋，有人仍然會檢查一下各種大類marker的表達情況，這一步是否有必要宛渐？ 1 最有效的方法還是從上游入手竞漾，控制細(xì)胞...
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公眾號：TOP生物信息
B站：TOP菌
WeChat：TOPJUN996
top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組窥翩、腫瘤免疫畴蹭、單細(xì)胞組學(xué)
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