R中包的安裝位置默認(rèn)是在C盤娇澎，經(jīng)常出現(xiàn)C盤不夠用，那我們就需要吧軟件安裝在其他盤中沼侣，包括R語言中R窄坦。 第一步：首先查看一下自己的安裝位置,一般默認(rèn)都是在C盤，我們就可以給他的...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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R語言中如何更改R包安裝路徑
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根據(jù)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)情況鑒定新的預(yù)后相關(guān)基因特征Identification of a Novel Prognostic Gene Signature From the Immune Cell Infiltration L...
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跟著Science學(xué)作圖：R語言ggplot2散點(diǎn)/連線/95%置信橢圓展示主成分分析結(jié)果論文 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk0989[https://www.science.org/doi/10.1...
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GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)使用（分析基因表達(dá)量與藥物敏感性影響）
數(shù)據(jù)下載：不要下載raw data細(xì)胞系注釋文件： Cell-line-annotation[ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cance...
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一文讀懂R語言corrplot相關(guān)熱圖分析及美化ＳＦ寡椤！（附圖詳解蒂阱，建議收藏）
gzh原文點(diǎn)我锻全，歡迎同時(shí)關(guān)注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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time ROC代碼
一、繪制符合ggplot2風(fēng)格的圖片录煤，可以加theme 1鳄厌、先定義一個(gè)函數(shù)，生成timeROC對(duì)象妈踊，注意數(shù)據(jù)集和相應(yīng)列名需要修改 2了嚎、計(jì)算每180天的ROC參數(shù)，具體時(shí)間可以...
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臨床生信文章普遍存在的兩個(gè)統(tǒng)計(jì)問題
臨床預(yù)后模型廊营，大多包含風(fēng)險(xiǎn)分層和獨(dú)立預(yù)后分析兩個(gè)驗(yàn)證分析歪泳，而很多文章在兩個(gè)分析上存在不嚴(yán)謹(jǐn)。下面介紹一些分析的關(guān)鍵點(diǎn)露筒。 1. 風(fēng)險(xiǎn)分層與cutoff 一般而言呐伞，預(yù)后模型會(huì)有訓(xùn)...
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跟著 Cell 學(xué)作圖 | 復(fù)雜熱圖(ComplexHeatmap)今天我們復(fù)現(xiàn)一幅2020年發(fā)表在Cell上的熱圖。 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.009 22 讀圖 將不同樣本的基因表達(dá)情況用熱圖展示并將倍數(shù)變化條...
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文章復(fù)現(xiàn)-全外顯子數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)1下載數(shù)據(jù)教程在：腫瘤外顯子數(shù)據(jù)處理系列教程（一）讀文獻(xiàn)并且下載測(cè)序數(shù)據(jù) (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s/gFd74rOqP56AnyXbllu...
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傾向性評(píng)分(propensity score, PS)
隨機(jī)對(duì)照實(shí)驗(yàn)是推斷因果關(guān)系的金標(biāo)準(zhǔn)慎式，即通過隨機(jī)化過程對(duì)所有的基線因素進(jìn)行平衡伶氢。也就是說，在滿足入選條件的病人中瘪吏，他們是否接受治療是通過完全隨機(jī)化決定的癣防。 因此觀察到的病人結(jié)局...
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零代碼合并新版TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)RNAseq表達(dá)譜數(shù)據(jù)上一期，小編已經(jīng)給大家分享了如何用R代碼來合并新版TCGA中的RNAseq表達(dá)譜數(shù)據(jù) ?R代碼合并新版TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)RNAseq表達(dá)譜數(shù)據(jù)[https://link.zhih...
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R語言進(jìn)行GSEA分析先加載R包 第一步：差異分析 首先是用limma包做差異分析的過程 這里由于做的時(shí)候是FPKM數(shù)據(jù)肪虎，所以參考了生信技能樹的教程： 第二步：獲取基因集 MSigDB可以方便地獲...
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使用R包ggcorrplot可視化相關(guān)矩陣在R中可視化相關(guān)矩陣(correlation matrix)的最簡(jiǎn)單方法是使用corrplot包劣砍。另一種方法是在ggally包中使用函數(shù)ggcorr()。 但是扇救，ggally...
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m6a甲基化相關(guān)基因boxplot并顯示p值m6A甲基化是目前研究的一個(gè)熱點(diǎn)刑枝，前面給大家介紹過?m6A甲基化數(shù)據(jù)分析流程[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixi...
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R語言ggboxplot-一文掌握箱線圖繪制所有細(xì)節(jié)作者：白介素2相關(guān)閱讀：R語言ggplot2繪制箱線圖R語言生存分析04-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型R語言生存分析-02-ggforestR...
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單細(xì)胞測(cè)序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高級(jí)分析迅腔、文章復(fù)現(xiàn)
時(shí)代的洪流奔涌而至装畅，單細(xì)胞技術(shù)也從舊時(shí)王謝堂前燕，飛入尋常百姓家沧烈。雪崩的時(shí)候掠兄，沒有一片雪花是無辜的，你我也從素不相識(shí)，到被一起卷入單細(xì)胞天地蚂夕。R語言和Seurat已以勢(shì)如破竹...
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GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)：信號(hào)通路和藥物GDSC：Genomics of Drug Sensitivity in Cancer https://www.cancerrxgene.org/[https://www.c...
