以大設(shè)施anlei01環(huán)境為例 1师痕、配置miniconda軟件 2悴品、設(shè)置環(huán)境 建立一個(gè)RNA-seq分析環(huán)境祟昭，這樣是為了和其他環(huán)境區(qū)分開狞换，以免本環(huán)境損壞造成其他環(huán)境也異常，也...
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析诉字，參考：protocol[https://w...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(1)數(shù)據(jù)下載-數(shù)據(jù)讀取-seurat對象創(chuàng)建這篇文章我們將介紹從geo數(shù)據(jù)庫下載單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)后孤里，多種數(shù)據(jù)格式多樣本情況下，如何讀取數(shù)據(jù)并創(chuàng)建seurat對象蝇摸。 本文主要結(jié)構(gòu)： 一婶肩、數(shù)據(jù)下載 二、數(shù)據(jù)讀取與seurat...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下貌夕，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??律歼，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝啡专，不論是使用conda還是pip工具险毁，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程二：超詳細(xì)！ Seurat打通單細(xì)胞常規(guī)流程Seurat standard pipeline(10核心流程) 創(chuàng)建Seurat對象 Read10X CreateSeuratObjecet 質(zhì)控 Perc...
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小王的ChIP-seq傻瓜學(xué)習(xí)教程(糾錯(cuò)更新中)一套H3K4me3的數(shù)據(jù)，GSE167940畔况，單端single鲸鹦，無input!!有了！一翻郵件交流發(fā)給我了 一套H3K27ac的數(shù)據(jù)跷跪，GSE165809馋嗜，單端single，有...
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motif預(yù)測
Homer做motif預(yù)測吵瞻，用法詳解查homer網(wǎng)站 有兩種情況 1葛菇、想看關(guān)注基因的啟動(dòng)子區(qū)TF預(yù)測 2、想看關(guān)注片段的TF預(yù)測 第一種看基因 只需要知道基因ID就行了橡羞，ho...
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maSigPro 處理時(shí)間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時(shí)間序列研究的是基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)行為眯停，測量的是一系列和時(shí)間點(diǎn)之間有強(qiáng)烈相關(guān)性的過程。和針對某一時(shí)間點(diǎn)的基因表達(dá)進(jìn)行差異分析不同尉姨，時(shí)間序列更加關(guān)注是發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)的趨勢庵朝，以有助于理...
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RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同組間差異表達(dá)分析使用DEseq2循環(huán)做多組間差異表達(dá)分析 當(dāng)有多組RNA-seq數(shù)據(jù)時(shí)，有時(shí)需要對多個(gè)組合進(jìn)行差異表達(dá)分析又厉，例如當(dāng)我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四組時(shí)九府，我需要...
