2024年2月眨八，來自Shyam Prabhakar?和Kok Hao Chen研究團隊的Vipul Singhal鞭光、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Natur...
IP屬地：上海
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空轉(zhuǎn)分析之生態(tài)位聚類算法Banksy
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服務(wù)器Jupyter
方法一：在一個環(huán)境中安裝 JupyterLab浮驳，添加多個內(nèi)核 全局環(huán)境安裝jupyterlab 每個環(huán)境中安裝內(nèi)核 啟動jupyterlab 方法二：在每個新環(huán)境中安裝 Ju...
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環(huán)境管理
mamba管理環(huán)境 聽洲更老師的服務(wù)器管理課安裝了mamba管理環(huán)境蛔翅，發(fā)現(xiàn)之前miniconda3安裝的和mamba安裝的在不同的channel胶惰，不知道后面會不會出現(xiàn)環(huán)境的混...
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mamba安裝
介紹 可以加速conda 配置網(wǎng)絡(luò)安裝 在本地機器上創(chuàng)建socks代理ssh -N -f -D 8810 limh@10.193.79.000在服務(wù)器上配置curl使用soc...
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R包 clusterProfiler 比較不同dataset富集結(jié)果生物信息分析中哎迄，接觸最多的莫過于基因富集分析谭贪，故在此基礎(chǔ)上目前已經(jīng)開發(fā)了很多種富集分析工具蜡励，如網(wǎng)頁版的DAVID令花、KOBAS、GOEAST凉倚，WebGestalt[http:/...
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裝包記錄magick包安裝 先用conda 再install ComplexHeatmap安裝 ggdendro安裝 ggh4x安裝 scRNAtoolVis安裝 clusterPr...
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【R>>ggh4x】ggplot2分面hacksggh4x是ggplot2的擴展包兼都，其火星文發(fā)音為G-G-hacks。主要功能包括調(diào)整分面大小(adjusting the sizes of facets)稽寒，mapping ...
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[R package] magick
to install R package "magick" , a dependency of R package "Giotto" check OSto be "CentO...
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Ubuntu16.04安裝R包magick出現(xiàn)的問題
太長不看版 magick的安裝需要底層的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老舊扮碧，安裝的舊版imagemagick無法使用 使用spack自己安裝新版，...
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SCpubr包：讓你的單細胞測序分析圖表更加高級好看，代碼實操分享該R包由國外友人Enblacar完成慎王，目前處于預(yù)印本階段蚓土，旨在提供一種簡化的方式，為已知的單細胞可視化生成可發(fā)布的圖形赖淤。與“審美愉悅”一詞一樣主觀蜀漆，這是一組跨不同情節(jié)類型實施...
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使用Nebulosa可視化scRNAseq,Featureplot的補充Overview 由于在單細胞數(shù)據(jù)（如RNA-seq、ATAC-seq）中觀察到的稀疏性咱旱，細胞特征（如基因确丢、峰）的可視化經(jīng)常受到影響和不清楚，特別是當(dāng)它與聚類重疊以注釋細胞類...
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單細胞3端和5端測序的區(qū)別單細胞5端測序就是再在每一個單獨的GEM里吐限，除了 Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列鲜侥，還有游離的poly-dT作為引物來結(jié)合RNA 3'端 pol...
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是這個錯誤，但是RCpp版本解決不了??
Debug log - R - RunHarmony()
起因 運行以下RunHarmony()時報錯诸典，可是代碼以前能跑的描函，唯一的不同就是換了服務(wù)器 報錯內(nèi)容 處理過程 方案一 ?：重裝 該問題比較新，根據(jù)Github解決方案 [1...
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Debug log - R - RunHarmony()
起因 運行以下RunHarmony()時報錯搂赋，可是代碼以前能跑的赘阀，唯一的不同就是換了服務(wù)器 報錯內(nèi)容 處理過程 方案一 ?：重裝 該問題比較新，根據(jù)Github解決方案 [1...
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R語言雜談（六）---處理矩陣及因子
ma <- matrix(c(1:4, 6, 9:15), nrow = 3) ###建立矩陣 ma # 給他一個名字 colnames(ma) <- c("A","B","...
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scRNA-seq稀疏矩陣圖解脑奠，格式轉(zhuǎn)換的核心前言 ??為什么單細胞數(shù)據(jù)要使用稀疏性矩陣基公？用一個實例來說明稀疏矩陣的效率用多好，且看下面的代碼： ??上面mat和smat分別是普通矩陣和稀疏矩陣dgCMatrix宋欺，都是1...
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Mac下su命令報錯su:Sorry的解決辦法
在mac上用su登錄root轰豆，輸入密碼，報錯：su:sorry,懷疑自己密碼輸入錯誤 切換命令：sudo su - 輸入密碼就可以了 進入的是root權(quán)限
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（七）思考新版Seurat V3.2作者在Github給予的回答舊號無故被封齿诞，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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已解決：Error in eval(call("@", object, slot)) :
在學(xué)習(xí)seurat教程(Mapping and annotating query datasets)時報錯 解決辦法 成功
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SpatialDB:空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫SpatialDB:a database for spatially resolved transcriptomes, Nucleic Acids Research,gkz9...