基礎(chǔ)概念 腫瘤突變負(fù)荷（TMB） 是指特定基因組區(qū)域內(nèi)體細(xì)胞非同義突變的個(gè)數(shù)，通常用每兆堿基多少個(gè)突變表示（mut/Mb），在早期研究中也直接以突變數(shù)量表示慎陵。 TMB 可以間...
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計(jì)算腫瘤突變負(fù)荷 -
跟著Nature學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2箱線圖疊加蜂群圖完整示例論文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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【小工具】智能合并測(cè)序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個(gè)可以自動(dòng)合并數(shù)據(jù)的簡(jiǎn)易腳本 應(yīng)用場(chǎng)景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個(gè)樣本,測(cè)序公司返回?cái)?shù)據(jù)時(shí)由于數(shù)據(jù)量不達(dá)標(biāo)祠丝，需要加測(cè)一次狞贱，部分樣本數(shù)據(jù)量還是不夠, 又加測(cè)一次才夠装哆，...
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39 - 動(dòng)物模型需要考慮的效應(yīng)
在構(gòu)建動(dòng)物模型時(shí)伐厌，需要考慮影響牛和性狀的效應(yīng)： 1 時(shí)間和位置 - 固定效應(yīng)(1) 時(shí)間上：環(huán)境改善或變壞（太多月或者太熱）台颠；飼料質(zhì)量和數(shù)量隨時(shí)間改變褐望； 分類可以采用星期，月...
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NGS分析手把手教學(xué)：全基因組分析GATK4管道教程詳解(有完整代碼)??不想充值付費(fèi)的小伙伴可以點(diǎn)贊串前，會(huì)隨機(jī)挑選幸運(yùn)觀眾贈(zèng)送全文瘫里。 目錄 前言1.分析環(huán)境的配置2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備3.QC處理4.Index和Mapping5.Variant Call...
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python學(xué)習(xí)：primer3-py批量設(shè)計(jì)引物
100天生信-Day11 最近一直在做濕實(shí)驗(yàn)，需要大量設(shè)計(jì)引物荡碾，發(fā)現(xiàn)primer3有python版本谨读，可以批量設(shè)計(jì)，簡(jiǎn)直神器坛吁。 參考教程：https://mp.weixin....
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將fasta模擬成fastq數(shù)據(jù)格式
模擬數(shù)據(jù)的腳本：腳本地址：https://github.com/levinyi/work/tree/master/script/simulate_fasta2fastq該腳本...
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TCGA樣本命名規(guī)則
在TCGA中劳殖，一個(gè)患者可能會(huì)對(duì)應(yīng)多個(gè)樣本铐尚，如TCGA-A6-6650可以得到3個(gè)樣本數(shù)據(jù)： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-...
