velocyto預處理 Run velocyto 從Seurat對象導出細胞抖拦、基因、表達信息，供 scVelo 使用 使用 Python 預處理數(shù)據(jù) scVelo計算RNA速...
IP屬地：湖南
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scVelo實戰(zhàn)
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一個基因組學研究生
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@想不出來昵稱怪我咯 你查看一下數(shù)據(jù)的類型，該是矩陣的得是矩陣，再檢查一下
R Package Scissor 學習筆記
簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)斤贰，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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@你吃太多 應該可以吧
R Package Scissor 學習筆記
簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)次询，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法荧恍。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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你的意思是單細胞和bulk是不同物種的數(shù)據(jù)，應該是不建議的渗蟹，肯定是越配對越好
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簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)块饺，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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@JUpter_ 換句話說就是每個spot里你估計會有多少cell雌芽，可以根據(jù)你樣本細胞的大小和spot的直徑估計一下
cell2location學習筆記
Cell2location 是一個原則性的貝葉斯模型授艰，它可以解析空間轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)中的細胞類型，并創(chuàng)建不同組織的全面細胞圖世落。Cell2location 解釋了變異的技術(shù)來源淮腾，并借用...
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@2e97c6719d5d 我用的是4.1.2
R Package Scissor 學習筆記
簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法屉佳。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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@YYYYYaooo 我才看到評論不好意思谷朝，不知道你的問題已經(jīng)解決了嗎，可以設置findmarker函數(shù)里的group.by參數(shù)來解決你這個問題
R Package Scissor 學習筆記
簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)武花，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法圆凰。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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Imagemagick
引自https://imagemagick.org/Usage/resize/[https://imagemagick.org/Usage/resize/]
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CARD反卷積筆記引自https://yingma0107.github.io/CARD/documentation/04_CARD_Example.html[https://yingma01...
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scVelo詳細筆記通過動力學建模將RNA速率推廣到瞬時細胞狀態(tài) RNA速率開辟了利用scRNA測序數(shù)據(jù)研究細胞分化的新途徑。RNA速率基于剪接和非剪接mRNA的比率描述了在一個給定時間點上体箕，一...
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這個世界流行離開累铅，但我們卻不擅長告別
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@018e7e485463 你好跃须，bulk和表型一定要對應的，單細胞我理解是可以是各種細胞在一起的娃兽，不一定非要是腫瘤的
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簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)菇民，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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cell2location學習筆記Cell2location 是一個原則性的貝葉斯模型，它可以解析空間轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)中的細胞類型第练，并創(chuàng)建不同組織的全面細胞圖阔馋。Cell2location 解釋了變異的技術(shù)來源，并借用...
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Seurat官方文檔實測筆記（上）從讀取數(shù)據(jù)開始复旬。 Read10X ()函數(shù) 讀取 cellranger pipeline輸出的10X單細胞數(shù)據(jù)垦缅，返回一個(UMI)count矩陣。此矩陣中行（row）代表基...
