1 介紹 基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序夏伊,并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析碎税。 基于全基因組重測(cè)序技術(shù)贡未,人們期望快速進(jìn)行資源普查篩選冲秽,尋找到...
1 介紹 基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序夏伊,并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析碎税。 基于全基因組重測(cè)序技術(shù)贡未,人們期望快速進(jìn)行資源普查篩選冲秽,尋找到...
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測(cè)序數(shù)據(jù)妆档,在做的過(guò)程中參考了很多資料,現(xiàn)在把整個(gè)重測(cè)序的上游分析流程分享給大家春弥,一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過(guò)坑了呛哟,相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
分子層面對(duì)生物的研究,在個(gè)體水平上主要是看單個(gè)基因的變化以及全轉(zhuǎn)錄本的變化(RNA-seq)匿沛;在對(duì)個(gè)體的研究的基礎(chǔ)上扫责,開始了群體水平的研究。如果說(shuō)常規(guī)的遺傳學(xué)主要的研究對(duì)象是...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
以下內(nèi)容參考了同研究組師弟整理的筆記逃呼、和網(wǎng)絡(luò)資源:Beast v1.8簡(jiǎn)易手冊(cè)-修訂版 · 語(yǔ)雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
從概念上講鳖孤,冗余分析(redundancy analysis, RDA)是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析,也是多響應(yīng)變量(multi-...
目前GO注釋主要分為兩種方法抡笼,其一苏揣,序列相似性即blast,其二推姻,結(jié)構(gòu)域相似性比對(duì)(InterProsScan)平匈,該方法在前面也提及過(guò),本文就blast進(jìn)行簡(jiǎn)要概述 所需文件...
對(duì)于非模式物種藏古,需要做GO或KEGG富集增炭,可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來(lái)對(duì)你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中拧晕,可以同時(shí)獲得序列映射上的GO號(hào)或KO號(hào)隙姿,直接提...
目前最好用、最完整的功能注釋軟件是 eggnog-mapper防症。新版本包括基因組和功能數(shù)據(jù)庫(kù)的全面更新,以及效率增強(qiáng)和幾個(gè)新功能。 從原始重疊群進(jìn)行從頭基因預(yù)測(cè) 成對(duì)直系同源...
這個(gè)例子來(lái)源于一篇plos的論文 論文題目是 A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations usin...
MITOS2可用于注釋后生動(dòng)物以及真菌等線粒體基因組注釋蔫敲,主要注釋線粒體18個(gè)核心基因(atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
論文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a...
大年三十晚上全程看完了春晚饲嗽,雖然節(jié)目很爛,還是全程堅(jiān)持看完了奈嘿,《國(guó)色》那個(gè)節(jié)目還是很驚艷的貌虾,如果去掉唱歌的環(huán)節(jié),可以給打十分裙犹。今天的推文我們把其中的配色摘下來(lái)尽狠,可以試著用在我...
2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道為啥我的注冊(cè)碼激活不了,試了很久叶圃,都不行袄膏,哎。出現(xiàn)Please use the OmicsBox ...
目前R中繪制熱圖的方式有很多掺冠,常用的如pheatmap沉馆、ComplexHeatmap包等,這里再給大家介紹一個(gè)輕量級(jí)的R包-HeatmapR包德崭,即無(wú)需過(guò)多的前期數(shù)據(jù)處理斥黑,可同...
介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析,軟件選擇為emmax和tassel眉厨。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 vcf文件:all_snp.vc...
R語(yǔ)言有很多強(qiáng)大的包鹿蜀,而且各種包之間還相互依賴,尤其是CRAN和Bioconductor還經(jīng)常相互依賴荔燎,但是安裝指令卻不一樣耻姥,再比如Github上的包,有時(shí)候更新的話還要重新...
在自然群體(區(qū)別于強(qiáng)人工選擇)中有咨,如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性琐簇,隨著環(huán)境變量的改變而變化,則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
bayenv是一種貝葉斯方法座享,通過(guò)檢測(cè)等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關(guān)性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來(lái)識(shí)別適應(yīng)當(dāng)?shù)丨h(huán)境的位點(diǎn)婉商。該方法可以從一組基因組變異中估計(jì)種群之間...