前面的2節(jié)介紹了數(shù)據(jù)的格式轉(zhuǎn)換寬表轉(zhuǎn)長表函數(shù)pivot_longer以及行過濾函數(shù)filter( )今天來繼續(xù)介紹列選擇函數(shù)select( )的使用 選擇列:基礎(chǔ) 要選擇幾列...
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R語言基礎(chǔ)入門(3) select選擇列的方法從基礎(chǔ)到高級 -
maftools|TCGA腫瘤突變數(shù)據(jù)的匯總，分析和可視化
本文首發(fā)于公眾號“生信補給站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介紹了使用maftools | 從頭開...
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2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理2022年4月份TCGA進行了更新梅桩，測序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件欢揖。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
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estimate 包所有函數(shù)超詳細解讀及計算免疫浸潤評分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計算標本的免疫及機制評分，進而評估腫瘤的純度爽篷，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signture來評估以上內(nèi)容尝丐，其輸入文件...
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使用image J給圖片添加標尺1、下載和安裝image J2奄妨、打開要添加標尺的圖片3、點擊直線標尺 4苹祟、把圖在清晰情況下盡可能放大砸抛，可以按住ctrl+鼠標滑動5、標好尺寸 6树枫、雙擊直線標尺可以設(shè)置線寬（L...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選砂轻，多因素cox建模奔誓，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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本博客純屬胡說八道厨喂，有疑問還請自行翻閱相關(guān)資料
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個R包，可以用來做各種富集分析庄呈，如GO杯聚、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）抒痒、Reacto...
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Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的長度不對作為生信菜鳥幌绍，某天運行代碼，出現(xiàn)如下錯誤： 運行如圖代碼出現(xiàn)錯誤故响。明明跟著老師來傀广，為啥會出錯呢？百度： 有個解答如下：R語言&Python GEO DataSets多個Ser...
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實戰(zhàn)：TCGA數(shù)據(jù)差異分析三大R包及其結(jié)果對比原本還有第四個部分彩届，小潔老師講了另一個R包下載表達矩陣和臨床信息的伪冰，TCGA-4.使用RTCGA包獲取數(shù)據(jù)但是這個包有個缺點就是數(shù)據(jù)更新不及時，因此當時看到時候我就沒有跟學了...
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二樟蠕、UCSC Xena數(shù)據(jù)庫下載表達數(shù)據(jù)Ensemble_ID轉(zhuǎn)換為Gene并整理數(shù)據(jù)
1贮聂、安裝并加載部分R包 2、設(shè)置工作路徑 3寨辩、導入表達譜數(shù)據(jù) 4吓懈、去除Ensembl_ID小數(shù)點后面的數(shù)字 5、下載Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gt...
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簡書如何寫代碼
1靡狞、進入簡書編輯界面耻警，點擊左下角的設(shè)置欄，在默認編輯器中選擇“MarkDown編輯器”。 ： 設(shè)置編輯器后甘穿，需要新建文件才能啟動新編輯器腮恩，否則還是“富文本編輯器”。 2温兼、方法...
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一秸滴、UCSC Xena數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)1、官方網(wǎng)址：https://xena.ucsc.edu/ 2募判、點擊上圖“Launch Xena”荡含，進入下圖 3、點擊上圖“DATA SETS”進入下圖 4兰伤、上圖左邊是不同癌...
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2022-07-03
免疫治療療效預測biomarker定義 PD-L1表達有多種biomarker體現(xiàn)内颗，包括TPS钧排、CPS敦腔、IPS、TC和IC恨溜。 TPS符衔，tumor cell proportio...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘二：基因差異分析加載之前下載并保存的文件 注意：這里介紹的差異分析方法有三種，其中l(wèi)imma是最經(jīng)典的糟袁，但是limma是必須接受log之后的值判族，才能正確算出差異，一般芯片數(shù)據(jù)用limma包项戴，...
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DEseq2差異表達分析
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)繞不過差異分析形帮。為什么選擇這兩個包呢？DEseq2針對有生物學重復的樣本周叮。（一般情況下應(yīng)該是都需要生物學重復的）edgeR對于單個樣本是比較好的辩撑。（但是細胞材料真的...
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R語言安裝export包
1、直接用install.packages("export")報錯： 這種煩人的錯誤仿耽，簡直是合冀。。项贺。君躺。2、查閱資料從github上下載export包开缎，然后安裝棕叫。1）下載地址：h...
