曼哈頓圖的名字來源是因為其形如曼哈頓的天際線：高聳在較低高度的“建筑物”上方的摩天大樓的輪廓。主要用于GWAS結(jié)果的展示，今天讓我們來看看如何繪制曼哈頓圖辛萍。 什么是曼哈頓圖 ...
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R數(shù)據(jù)可視化12:曼哈頓圖 -
使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱步淹，所在染色體堡称，SNP的位置古毛，后面每列為不同性狀的P值碑幅，每個性狀單獨一列 默...
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你這不是一個snp對全表型吧彰触？怎么曼哈頓圖橫軸是染色體呢梯投？不應(yīng)該是表型嗎？
PheWAS(全表型組關(guān)聯(lián)分析)----PheWAS實戰(zhàn)(三)
介紹完P(guān)heWAS與GWAS的概念及其對比以及PheWAS的R包后况毅，相信大家對對PheWAS原理以及相關(guān)R包有了初步認(rèn)知分蓖。下面我以我做的一個項目的數(shù)據(jù)為例跑PheWAS。 1...
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2020-05-01 多基因風(fēng)險評分PRS分析參考學(xué)習(xí)資料： https://mp.weixin.qq.com/s/ou9MfogMJJV00S6lZpNGqQ 多基因風(fēng)險評分PRS分析 目前的主流的 GWAS 分析使用...
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@lz_d74b 測序得到的呀尔许，或者是公共數(shù)據(jù)下載得到的
plink各種格式轉(zhuǎn)換及簡單命令
PLINK軟件輸入文件的常見格式類型： 1么鹤，一般格式：PED/MAP2，轉(zhuǎn)置格式：TPED/TFAM3味廊，二進制格式：BED/BIM/FAM幾種格式之間可以相互轉(zhuǎn)換蒸甜。推薦使用B...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻，先總結(jié)了一部分余佛，后面再做補充和實操 一. 相關(guān)概念理解 （1）GWAS： 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”柠新，使用統(tǒng)計模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點，用于分子標(biāo)記選擇...
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基因型數(shù)據(jù)與1000G merge后做PCA看人群分布
寫在前面辉巡，對于生信新手來說恨憎，不熟悉代碼的基礎(chǔ)，總是空中樓閣一般郊楣，想搜一條代碼憔恳、做一些適合自己數(shù)據(jù)的運算更是難上加難，踩過的坑總要填净蚤，為了新手們不要像我一樣浪費時間在這苦惱的代...
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mediation analysis（中介分析）二之前整理過一篇中介分析http://www.reibang.com/p/a8912fcf5910的筆記钥组，那只是初步理論，等到真正做時會出現(xiàn)各種情況今瀑，這個不顯著啦程梦，那個顯著腔丧，...
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1.4-雙生子數(shù)據(jù)中結(jié)構(gòu)方程模型的應(yīng)用
來源網(wǎng)站：http://dbtemp.blogspot.com/2011/08/sem-approach-to-twin-data.html 這個簡單模型中最重要的假設(shè)是：雙...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）的計算原理前言 關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的資料，網(wǎng)上有很多作烟。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程愉粤，卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否...
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全基因組重測序基礎(chǔ)及高級分析知識匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測序是通過對已有參考序列（...
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請問allele行如何選擇哪列是effect allele拿撩，哪列是non-effect?默認(rèn)gwas中第一列和第二列嗎衣厘？就是minor和major？
一行命令學(xué)會全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)的meta分析
為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說压恒，如果數(shù)據(jù)存在群體分層影暴，卻不加以控制，那么很容易得到一堆假陽性位點探赫。 當(dāng)群體出現(xiàn)分層時型宙，...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對VCF文件的統(tǒng)計
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP伦吠，INDEL和SV結(jié)果的文本文件妆兑。在GATK軟件中得到最好...
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matlab簡單命令
matlab -nodesktop -nosplash -r matlabfilelinux下啟動非界面版matlab程序并運行matlabfile.mat文件； load(...
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人類基因組的Phasing原理是什么毛仪？
人類基因組的Phasing原理是什么搁嗓？什么是Phasing？ Phasing箱靴，或者說Genotype Phasing腺逛，它的中文名有很多：基因定相、基因分型衡怀、單倍體分型棍矛、單倍體...
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變異信息那些事（上）劉小澤寫于18.12.31再次知識迭代：打算以上中下三篇來認(rèn)識一個新事物上篇：主要了解VCF的背景知識；一般我們會從WES的上游得到SNP抛杨、InDel等信息够委，這些重要的信息都...
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GCTA計算親緣關(guān)系矩陣（兩種不同方法）親緣關(guān)系矩陣 親緣關(guān)系矩陣被廣泛用于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）和全基因組選擇（GS）中，當(dāng)然主要是混合線性模型蝶桶。在GWAS中親緣關(guān)系矩陣主要用于校正遺傳背景慨绳，因為G...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系1、群體結(jié)構(gòu)及其對 GWAS 的影響 群體結(jié)構(gòu)的來源image.png群體結(jié)構(gòu)對GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導(dǎo)致混淆變量（confounding varia...