2024年諾貝爾化學(xué)獎揭曉庐扫，一半授予大衛(wèi)·貝克（David Baker）主籍，以表彰他在計(jì)算蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn)；另一半則由德米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和...
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一文看懂AlphaFold2&3輸出結(jié)果的json文件內(nèi)容 -
2023-03-22 幾個預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)秽五、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測理化性質(zhì)：分子量(Da)、等電點(diǎn)(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)吹害、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一崇堰，就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么俄烁，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達(dá)值绸栅，識別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢？DESeq2是...
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R-獲取基因長度通常页屠，在計(jì)算TPM或RPKM/FPKM等基因表達(dá)量時(shí)粹胯，除了基因的counts信息外蓖柔，我們還需要知道基因的長度。這里所用到的基因長度并不是某個基因在基因組上的完整長度风纠。在基因表...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——參考基因組準(zhǔn)備進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析前况鸣，需準(zhǔn)備好參考基因組文件。醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最多的就是人類竹观、大鼠镐捧、小鼠。本文以這三種為主進(jìn)行介紹臭增。 參考基因組的下載可以進(jìn)入ensembl數(shù)據(jù)庫進(jìn)行 點(diǎn)擊畫紅框位...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概述轉(zhuǎn)錄組分析總體流程如圖所示懂酱，主要分為上游分析（原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、比對誊抛、組裝列牺、定量），下游分析（差異分析拗窃、富集分析）和高級分析（共表達(dá)分析瞎领、GSEA、時(shí)序性分析等）并炮。整個流程圖...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析——原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制（QC）獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（.fastq文件）后的第一步就是對原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制默刚。 目的 質(zhì)量控制的目的是全面查看原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量，內(nèi)容包括堿基質(zhì)量評估逃魄、GC含量檢驗(yàn)荤西、N堿基數(shù)量評估、TC...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學(xué)導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類文明的大事件伍俘。該過程的成功很大程度上要?dú)w功于持續(xù)的人工選擇邪锌。本文總結(jié)了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中癌瘾，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低觅丰、連鎖不平衡等選擇印記》镣耍●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
