2024年諾貝爾化學(xué)獎揭曉贮尖，一半授予大衛(wèi)·貝克（David Baker）屈糊，以表彰他在計算蛋白質(zhì)設(shè)計領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn)珍德；另一半則由德米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和...
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一文看懂AlphaFold2&3輸出結(jié)果的json文件內(nèi)容 -
2023-03-22 幾個預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測理化性質(zhì)：分子量(Da)、等電點(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測序的目的之一，就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因咱圆。那么笛辟，如何基于轉(zhuǎn)錄組測序獲得的定量表達(dá)值，識別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢序苏？DESeq2是...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——參考基因組準(zhǔn)備進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析前匈睁，需準(zhǔn)備好參考基因組文件监透。醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最多的就是人類、大鼠航唆、小鼠胀蛮。本文以這三種為主進(jìn)行介紹。 參考基因組的下載可以進(jìn)入ensembl數(shù)據(jù)庫進(jìn)行 點擊畫紅框位...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概述轉(zhuǎn)錄組分析總體流程如圖所示糯钙，主要分為上游分析（原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制粪狼、比對、組裝任岸、定量）再榄，下游分析（差異分析、富集分析）和高級分析（共表達(dá)分析享潜、GSEA不跟、時序性分析等）。整個流程圖...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析——原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制（QC）獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（.fastq文件）后的第一步就是對原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制米碰。 目的 質(zhì)量控制的目的是全面查看原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量，內(nèi)容包括堿基質(zhì)量評估购城、GC含量檢驗吕座、N堿基數(shù)量評估、TC...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學(xué)導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類文明的大事件。該過程的成功很大程度上要歸功于持續(xù)的人工選擇侮攀。本文總結(jié)了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)锣枝。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低陨闹、連鎖不平衡等選擇印記楞捂。●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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ROH、近交系數(shù)乡数、親緣系數(shù)椭蹄、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的瞳脓，基于ROH計算的基因組近交系數(shù)是個體真實的近交系數(shù)塑娇，它比傳統(tǒng)系譜...
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【可視作圖】VMD蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)可視化VMD軟件下載 一 個 功 能 同 樣 強(qiáng) 大 的 免 費蛋 白 質(zhì) 三 維結(jié) 構(gòu)可 視 化軟 件VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vm...
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任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序劫侧，如果是簡單的事情埋酬。我覺得應(yīng)該用最簡單的方式來實現(xiàn)。如果你只是想畫一個簡單的Circos圖烧栋，perl写妥？不用的。R审姓？不用的珍特。網(wǎng)頁？不用的...
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基因組共線用MCScanX導(dǎo)讀 下載魔吐、安裝扎筒、使用MCScanX分析NCBI taxonomy上下載的兩個梭菌基因組共線性情況。共線性又稱同線性酬姆，是一個物種的基因組中相互連鎖的基因嗜桌，在另一物種的基因組中...
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泛基因組學(xué)習(xí)：第一天，了解泛基因組文章轉(zhuǎn)載自 微分基因公眾號http://www.sohu.com/a/273345614_100126902 僅供個人學(xué)習(xí)之用辞色。目前想學(xué)習(xí)泛基因組的知識骨宠，把所看到的的文獻(xiàn)記錄...
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生物基礎(chǔ)知識-CDS、ORF、啟動子层亿、終止子桦卒、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)匿又，一般是先在DNA序列中...
