如果你曾經(jīng)使用過nnUNet V1如绸，那你一定明白數(shù)據(jù)集的命名是有嚴格要求的嘱朽，必須按照特定的格式來進行命名才能正常使用旭贬。 這一節(jié)的學(xué)習(xí)需要有數(shù)據(jù)，如果你有自己的數(shù)據(jù)搪泳，可以拿自己...
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nnUNet v2數(shù)據(jù)準備及格式轉(zhuǎn)換 （二）
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全網(wǎng)都在用的nnUNet V2版本改進了啥骑篙，怎么安裝？（一）
nnUNet森书，這個醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的分割巨無霸!在論文和比賽中隨處可見他的身影。大家對于nnUNet v1版本的教程都贊不絕口谎势，因為它簡單易懂凛膏、詳細全面，讓很多朋友都輕松掌握了使用方...
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2023-06-18
大多數(shù)醫(yī)學(xué)成像設(shè)備以復(fù)雜的 DICOM 格式(后綴 .dcm)的變體存儲圖像脏榆。許多科學(xué)工具希望醫(yī)學(xué)圖像以更簡單的 NIfTI 格式（后綴 nii.gz）存儲猖毫。事實上，我們做深...
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[理論+實操] MONAI&PyTorch 如何進行分布式訓(xùn)練须喂，詳細介紹DP和DDP優(yōu)秀的煉丹師再也不滿足單張GPU訓(xùn)練了吁断，總想要迭代的再快點，batchsize再大點坞生。能用3D model 絕不用2D仔役，完了！內(nèi)存超了是己，咋辦又兵？急， 在線等Ｗ浞稀沛厨！ 為什么要使用分...
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如何使用MONAI構(gòu)建多分類dataset--直接從文件夾加載數(shù)據(jù)如圖所示，做多類別分類摔认，每個文件夾代表一個類別逆皮，所有圖像均為NIFTI格式，如何加載進 MONAI 進行訓(xùn)練参袱？ 在這之前电谣，我們來看看 MONAI dataset 加載方法： ...
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醫(yī)學(xué)圖像領(lǐng)域--Transformer入門路線推薦本文跟那些長篇大論教你入門的文章大大不同！抹蚀！ 你讀了這些文章辰企，對于小白來講，原理既難又枯燥况鸣，讀了等于沒讀牢贸，一樣不會用。 這里沒有枯燥的理論镐捧，沒有看不懂的術(shù)語潜索，因為這些我也不懂...
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介紹一款 MRI&CT 圖像預(yù)處理強大工具--FSL
FSL 是什么臭增？ 全名是： FMRIB's Software Library FMRIB 是 英國牛津大學(xué)腦功能磁共振成像中心，F(xiàn)SL 則是他們開發(fā)的一個軟件庫竹习。 由 Ste...
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對抗性自動編碼器系列--自動編碼器AutoEncoder的原理及實現(xiàn)-手寫數(shù)字的重建前言 先來看看實驗： 我們使用 MNIST 手寫數(shù)字誊抛，測試通過自動編碼器和對抗性自動編碼器學(xué)習(xí)重建恢復(fù)效果。 原始圖像：image 自動編碼器重建效果image 對抗性自動編...
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第一課第一周12-13節(jié) 多任挑戰(zhàn)總結(jié)前面我們已經(jīng)學(xué)習(xí)了如何處理類別不平衡整陌。這節(jié)課我們來探討第二個挑戰(zhàn)-多任務(wù)挑戰(zhàn) 目前為止拗窃，我們已經(jīng)研究了二分類，我們關(guān)心的是一個例子是否是有 mass 疾病泌辫。 然而随夸，在現(xiàn)實世界...
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如何度量兩幅圖像的相似度--結(jié)構(gòu)相似度SSIM 原理及代碼如何度量兩幅圖像的相似度--結(jié)構(gòu)相似度SSIM 1. 什么是 SSIM 結(jié)構(gòu)相似性指數(shù)（Structural Similarity Index measure，SSIM）用作...
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最全指南】如何在 Jupyter Notebook 中切換/使用 conda 虛擬環(huán)境震放？
服務(wù)器上配置有多個 conda 虛擬環(huán)境宾毒，在使用jupyter notebook時需要使用其中的一個環(huán)境，但是其默認還是使用 base 環(huán)境殿遂。 我們該怎么切換環(huán)境呢诈铛。 Jup...
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理解Python中super()
文章作者：Tyan博客：noahsnail.com | CSDN | 簡書 1. 單繼承 在單繼承時，super().__init__()與Base.__init__()是一...
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版本不對墨礁，努力白費幢竹。這是我花了240元買來的教訓(xùn)！與君共勉-Python項目如何生成requirements.txt文件
俗語說恩静，“聰明的人不會兩次被同一塊石頭絆倒妨退。”但事實是蜕企，我們嘗嘗在同一個錯誤上接二連三地摔跟頭咬荷。 我！今年在這個跟頭上摔了 三次轻掩！ 第一次： 這個我之前已經(jīng)寫了文章了幸乒。在做k...
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Github 單文件快速下載 -- 使用 DownGit
Github 單文件快速下載 -- DownGit Github 上有很多優(yōu)秀的項目 經(jīng)常去 GitHub 學(xué)習(xí)（copy）的我遇到這樣一個問題： 比如，我想只下載這樣一個文...
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探究各種學(xué)習(xí)率策略--模擬學(xué)習(xí)率變化過程
調(diào)整學(xué)習(xí)速率的方法有很多唇牧，如何直觀的感受學(xué)習(xí)率隨迭代的變化趨勢罕扎，以及如何獲取當(dāng)前epoch的學(xué)習(xí)速率 lr。我們可以把學(xué)習(xí)速率隨 epoch的變化畫出來丐重。 從圖上可以看出腔召，l...
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如何用excel快速實現(xiàn)“平均值±標準差”如圖，論文中扮惦，一般都會給出平均值和標準差臀蛛。 大家在寫科技論文的時候，通常用excel來整理數(shù)據(jù)，那如何用excel快速實現(xiàn)“平均值±標準差”浊仆。 要Tina說客峭，這很簡單！記住下...
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【實戰(zhàn)講解】使用 Linux alias 為命令設(shè)置別名抡柿，設(shè)置永久別名
每次激活環(huán)境都要敲 conda activate xxx舔琅，可以敲縮寫嗎，比如 ca xxx? 每次激活環(huán)境都要敲conda activate xxx可以敲縮寫嗎洲劣？ 不知道你是...
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如何快速合并多個CSV / Excel / txt 文件
最近备蚓，一個師姐（醫(yī)學(xué)博士）拿到一批相同表頭的 CSV 文件，想要它們合并在一起囱稽。不會寫代碼郊尝，只能用 EXCEL 打開文件，手動粘貼復(fù)制粗悯。 但是，又遇到問題了同欠，她的 EXCEL...
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深度學(xué)習(xí)样傍，分割后處理之通過填補孔洞，提高分割準確度當(dāng)我們查看分割結(jié)果時铺遂，會發(fā)現(xiàn)分割內(nèi)部偶爾會出現(xiàn)這種分割孔洞（hole）衫哥。 常識告訴我們，這個器官內(nèi)部是沒有孔洞的襟锐，因此撤逢，我們通過后處理的方法把它填上,可以提高分割準確度。 這...
個人介紹
可同步關(guān)注 GZH [醫(yī)學(xué)圖像人工智能實戰(zhàn)營]粮坞。堅持已實踐為主蚊荣，凡原創(chuàng)文章皆提供理論講解，實驗代碼莫杈，實驗數(shù)據(jù)互例。只有實踐才能成長的更快，關(guān)注我筝闹，一起成長進步~