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發(fā)簡信
IP屬地：上海
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那令人困惑的比對工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研乍恐，因為我總是對一些“沒有必要”的事斤斤計較~ 剛開始接觸二代測序時，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入門的峭拘。那時候使用的比對工具是H...
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使用htseq-count進行定量分析和featurecounts一樣艺智，htseq-count也是一款進行raw count定量的軟件贿衍。該軟件采用python語言進行開發(fā)菇用，集成在HTseq這個包中樊展。 對于pyth...
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西澳大學生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學的挖掘<br><br>簡信不回答問題匣沼，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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@許東 是不是類似于blastx呢狰挡？
diamond & blast：DNA蛋白序列比對
導讀 用query基因捂龄、DNA序列、16S擴增子序列加叁、蛋白序列比對基因注釋倦沧、物種注釋 、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫它匕。Blast準確性高展融，速度慢。Diamond速度更快豫柬，常用于二代測序...
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Mash: 使用MinHash快速估算基因距離
工具介紹 Mash擴展了MinHash降維技術告希，使其成對的突變距離和P值顯著性檢驗，從而可以有效地聚類和搜索大量序列集合烧给⊙嗯迹混搭將大序列和序列集還原為較小的代表性草圖，進而可以...
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你好础嫡，我在看一邊文獻指么，上面有方法展示了怎么處理這個零值，需要交流一下嗎榴鼎？
微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation
?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中伯诬，一般會對數(shù)據(jù)進行一定的轉換，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布巫财。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
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微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中盗似，一般會對數(shù)據(jù)進行一定的轉換，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布平项。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
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群落多樣性之Alpha多樣性（一）
學習生物學桥言，一項很重要的事情就是理解概念萌踱。有一種方法就是直接從名字上理解概念。小RNA号阿，是不是就是很小的RNA并鸵？宏基因組，是不是就是很“宏”的基因組扔涧？……答案很統(tǒng)一：必須是啊...