官方說(shuō)明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.5-to-v2.1.8#v218...
IP屬地：浙江
-
Eggnog-mapper（2.1.7）使用記錄 -
用PLAM下的mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)
用mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)的時(shí)候遇到報(bào)錯(cuò)： 問(wèn)題是序列不符合phylip格式级及，每個(gè)名字沒(méi)有區(qū)分開(kāi) 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對(duì)結(jié)果，fa...
-
2021-01-05重測(cè)序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.reibang.com/p/938d362fc48d]如何利用重測(cè)...
-
2022-04-14兩個(gè)基因組間鑒定結(jié)果SV和SNP變異
###01.序列比對(duì) nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log & #--mi...
-
Syri：基于組裝基因組的變異檢測(cè)1.安裝Syri GitHub頁(yè)面：https://github.com/schneebergerlab/syri[https://github.com/schneeberg...
-
重測(cè)序分析（4）使用GATK進(jìn)行SNP和INDEL檢測(cè)使用GATK進(jìn)行SNP和INDEL檢測(cè)GATK是 Broad 開(kāi)發(fā)的用于測(cè)序數(shù)據(jù)的變異檢測(cè)軟件，后續(xù)推廣到動(dòng)植物研究中黔夭，是目前最廣泛使用的變異檢測(cè)軟件。GATK有兩種方式變異...
-
檢測(cè)snp和InDel的工具：snippy~可用于檢測(cè)兩條fasta序列之間的變異生成vcf格式文件這個(gè)軟件的github主頁(yè) https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 我是...
