--glyphstyle=GLYPHSTYLE辟灰，我用該參數(shù)的時候盒延，繪制微觀共線性圖，但是發(fā)現(xiàn)他無法根據(jù)bed提供的繪制方向箭頭，最后一條染色體上的所有的基因都是朝一個方向一個染色體堤魁，這是為什么耕魄，有人知道可以回答一下嗎
MCscan踩坑記錄最近在幫忙做一個大文章，用到這個神奇的軟件证九，做個踩坑記錄删豺。 軟件是由大拿唐海寶老師寫的。ps: 見過唐老師本人愧怜，高高帥帥的呀页，說話又好聽，要被迷倒了(/ω＼) 咳咳拥坛，言歸正傳蓬蝶。...
官方說明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.5-to-v2.1.8#v218...
用mcmctree做分歧時間估計的時候遇到報錯： 問題是序列不符合phylip格式尘分，每個名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對結(jié)果，fa...
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.reibang.com/p/938d362fc48d]如何利用重測...
###01.序列比對 nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log & #--mi...
1.安裝Syri GitHub頁面：https://github.com/schneebergerlab/syri[https://github.com/schneeberg...
使用GATK進行SNP和INDEL檢測GATK是 Broad 開發(fā)的用于測序數(shù)據(jù)的變異檢測軟件时肿，后續(xù)推廣到動植物研究中庇茫，是目前最廣泛使用的變異檢測軟件。GATK有兩種方式變異...
這個軟件的github主頁 https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 我是...
禮貌求問??繪圖修改紙張大小應該怎么做
基因組共線性分析-JCVI由于忙課題的原因螃成，斷更了好久旦签，雖然斷更的時間內(nèi)學習到了很多東西，但細想一下還是記錄在自己博客里比較好寸宏，方便自己查閱也方便其他人學習 JCVI這個軟件網(wǎng)上有太多教程宁炫，再記錄一次...
在群體遺傳學分析中，我們經(jīng)常會碰到關(guān)于連鎖不平衡的問題氮凝，當然計算連鎖不平衡的軟件有很多羔巢，包括plink2、haploview等罩阵，今天在這里給大家分享一個計算連鎖不平衡的軟件-...
最近在做circos圖竿秆，由于我的重復序列的gff文件不是標準格式，無法用軟件生成稿壁，只好自己寫一個python腳本幽钢，本腳本可處理各種類似gff格式的文件，轉(zhuǎn)化為適用于circo...
摘要 兩張圖總結(jié)本文落午，以方便大家確定是否還有看下去的興趣 寫在前面 Emmm... 今天開放一個舊功能谎懦，全基因組基因密度統(tǒng)計肚豺。雖然是早前就寫好的溃斋，但我一直沒開放，主要是考慮到...
很多人想學習R語言繪圖梗劫，最好的辦法就是多進行操作享甸，這里有一個非常好的網(wǎng)站，里面匯集了大量R語言的繪圖代碼梳侨，只需將這些代碼復制下來多去操作就會有很好的收獲蛉威。r-graph-ga...
我的R學習領(lǐng)路人是北大生信在讀博士孟浩巍，學習R是從參加他的知乎live課程《R入門與基礎(chǔ)繪圖系統(tǒng)》開始的走哺，從第一次講座時間到現(xiàn)在雖然才過去不到一周蚯嫌，但我已經(jīng)可以把R當做一個...
有兩種方法，先看比較簡單的一種： 結(jié)果： 第二種方法就比較復雜了丙躏，需要準備兩個文件：一個是包含染色體長度的文件chr_length.txt择示，格式如下： 一個是包含各個基...
