請(qǐng)教一下，N50結(jié)果偏低，conig數(shù)量很多，-D 與-N設(shè)置成多少合適。
IP屬地：四川
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群體遺傳學(xué)與重測(cè)序分析分子層面對(duì)生物的研究硬贯，在個(gè)體水平上主要是看單個(gè)基因的變化以及全轉(zhuǎn)錄本的變化（RNA-seq）；在對(duì)個(gè)體的研究的基礎(chǔ)上，開(kāi)始了群體水平的研究届案。如果說(shuō)常規(guī)的遺傳學(xué)主要的研究對(duì)象是...
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maker基因組注釋一（基礎(chǔ)篇）在基因組注釋上，MAKER算是一個(gè)很強(qiáng)大的分析流程罢艾。能夠識(shí)別重復(fù)序列楣颠，將EST和蛋白序列比對(duì)到基因組，進(jìn)行從頭預(yù)測(cè)咐蚯，并在最后整合這三個(gè)結(jié)果保證結(jié)果的可靠性童漩。此外，MAKER還...
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連鎖不平衡（LD）分析1.連鎖不平衡（LD）概念 連鎖不平衡（LD）是指不同位點(diǎn)等位基因的非隨機(jī)關(guān)聯(lián)仓蛆。LD 的衰減是受重組率和重組代數(shù)影響的睁冬，研究 LD 的衰減可以揭示群體重組的歷史。 假如位于同...
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基礎(chǔ)知識(shí)——連鎖不平衡 Linkage disequilibrium (LD)一看疙、概念 連鎖不平衡是指,在某一群體中豆拨，分屬兩個(gè)或兩個(gè)以上基因座的等位基因同時(shí)出現(xiàn)在一條染色體上的幾率，高于隨機(jī)出現(xiàn)的頻率能庆。連鎖不平衡是等位基因或者遺傳標(biāo)記在一個(gè)種群中表現(xiàn)出...
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共線性分析 | MCscan (Python version JCVI 包)共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件施禾。今天主要測(cè)試的是Python版McScan（jcvi工具包），這個(gè)包很強(qiáng)大搁胆，是從MCScanx升級(jí)而來(lái)的基因組共線性分析軟件弥搞。 ...
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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WSL安裝及配置圖形界面
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【比較基因組】共線性分析（JCVI）比較基因組學(xué)中，共線性的分析的圖無(wú)疑是很漂亮的粤铭。 共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件挖胃。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來(lái)做共線性分析，雖然后面有java的包來(lái)支持...
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比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用比較基因組學(xué)之共線性工具JCVI安裝及使用 jcvi及依賴的安裝 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
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海洋哺乳動(dòng)物的適應(yīng)性進(jìn)化文章信息 題目：Comparative genomics provides insights into the aquatic adaptations of mammals ...
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根據(jù)vcf文件計(jì)算SNP密度并用circlize可視化結(jié)果參考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口長(zhǎng)度--out 是輸出文件的前綴 使用R語(yǔ)言中的circlize包畫(huà)圖 參考 用circlize包繪制cir...
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學(xué)習(xí)筆記：GATK call snp需要的數(shù)據(jù)文件：ref.fa test_1.fq test_2.fq 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控（具體方法另做總結(jié)）梆惯，由原始測(cè)序文件raw_reads.fq得到可以進(jìn)一步分析的clean_...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測(cè)軟件酱鸭，尤其是在人類基因組上。不過(guò)HaplotypeCaller的速度相對(duì)于其他軟件垛吗，例如bcftools,...
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2021《Nature Communications》麂屬動(dòng)物染色體融合的分子機(jī)制及其三維基因組構(gòu)象的演化2021年11月25日凹髓，Nature Communications在線發(fā)表了西北工業(yè)大學(xué)生態(tài)環(huán)境學(xué)院聯(lián)合中科院動(dòng)物研究所等合作完成的題為“Molecular mechanis...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因組范圍應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記，本文介紹生態(tài)基因組學(xué)中利用GATK4軟件進(jìn)行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）怯屉。以下所有分析過(guò)程...
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重測(cè)序分析（4）使用GATK進(jìn)行SNP和INDEL檢測(cè)使用GATK進(jìn)行SNP和INDEL檢測(cè)GATK是 Broad 開(kāi)發(fā)的用于測(cè)序數(shù)據(jù)的變異檢測(cè)軟件蔚舀，后續(xù)推廣到動(dòng)植物研究中，是目前最廣泛使用的變異檢測(cè)軟件蚀之。GATK有兩種方式變異...
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重測(cè)序分析（3）比對(duì)到參考基因組
將經(jīng)過(guò)過(guò)濾后得到的高質(zhì)量數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組上蝗敢，并進(jìn)行排序和去重復(fù)等處理，用于后續(xù)的變異檢測(cè)足删。 軟件準(zhǔn)備 bwasamtoolspicard 文件準(zhǔn)備 參考基因組：genom...
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GATK4變異檢測(cè)（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
