2021-03-31 親們性置，簡(jiǎn)書很少更新啦敛助！ 有和簡(jiǎn)書內(nèi)容相關(guān)的問題的話可以發(fā)郵箱： haifengsun123@163.com
IP屬地：江蘇
-
2021-03-31 親們，簡(jiǎn)書很少更新啦
-
@APengs 這個(gè)建議自個(gè)寫個(gè)腳本
seqkit的安裝與使用
安裝： conda install seqkit ref:seqkit一個(gè)FASTA/Q序列處理神器 - 遺世獨(dú)立的愚公 - 博客園 一狡蝶、序列操作： 1.取反向序列 seqk...
-
@徐沫沫 用gtf把将，找UCSC的有倆個(gè)工具可以gtf轉(zhuǎn)pred再轉(zhuǎn)bed
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁(yè)：https://github.com/Zheng...
-
@看_菜鳥在天上飛 這個(gè)軟件的確是比較舊焰枢，得折騰下
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁(yè)：https://github.com/Zheng...
-
@hopi_5dab 咋會(huì)呢，報(bào)錯(cuò)的話就按照?qǐng)?bào)錯(cuò)的調(diào)整下
m6A-seq_analysis_workflow
github：https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 網(wǎng)頁(yè)：https://scottzij...
-
count normalization的方法
count normalization的方法 這應(yīng)該會(huì)是一個(gè)小系列彩掐，我會(huì)簡(jiǎn)單介紹下現(xiàn)在的一些count normaliztion的方法，以及對(duì)應(yīng)的代碼解釋灰追、思考堵幽，從而最后得出...
-
標(biāo)準(zhǔn)化方法表達(dá)矩陣標(biāo)準(zhǔn)化是差異分析的第一步，關(guān)于為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化及常用的標(biāo)準(zhǔn)化的方法有哪些的一篇筆記弹澎。 參考文章 為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化朴下？ 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序采取的打斷基因序列獲得基因測(cè)序的片段，再...
-
精準(zhǔn)大海撈針--CRISPR screening專題由于Addgene的篇幅太長(zhǎng)苦蒿，因此決定分為至少兩個(gè)部分來(lái)介紹殴胧。上期：來(lái)自Addgene的CRISPR指南（1）參考：CRISPR Guide 由于這個(gè)部分已經(jīng)不是簡(jiǎn)單的看CR...
-
DNA-RNA互作檢測(cè)技術(shù)
作者：馬可菠蘿審稿：童蒙編輯：angelica 引言 隨著Hi-C技術(shù)的建立和發(fā)展，越來(lái)越多的技術(shù)可以用于DNA-DNA相互作用的研究佩迟，類似的RNA-RNA相互作用檢測(cè)技術(shù)業(yè)...
-
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的鑒定
作者：Arno審稿：童蒙編輯：angelica 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Isoform-sequencing团滥，Iso-seq）基于PacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)（SMRT cell）...
-
TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學(xué)習(xí)-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾4.甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異分析5.甲基化芯片...
-
liftover基因組轉(zhuǎn)換中的bed文件
今天用liftover做基因組轉(zhuǎn)換的時(shí)候秉溉，hg38轉(zhuǎn)hg19力惯，所有的位點(diǎn)都轉(zhuǎn)失敗了≌偎唬看到提示為“#Deleted in new”父晶。一般這個(gè)錯(cuò)誤為是由于hg19 (要轉(zhuǎn)換的基因...
-
@親愛的暮雨晨風(fēng) 什么意思？有問題改下或者去掉唄
m6A-seq_analysis_workflow
github：https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 網(wǎng)頁(yè)：https://scottzij...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄多樣性是發(fā)育潛能的一個(gè)標(biāo)志
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄多樣性是發(fā)育潛能的一個(gè)標(biāo)志 本篇文章首發(fā)于單細(xì)胞天地 單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）是重建細(xì)胞分化軌跡的有力方法格仲。然而押袍，同時(shí)推斷分化的狀態(tài)與方向是一項(xiàng)具有挑...
-
轉(zhuǎn)錄調(diào)控：轉(zhuǎn)錄因子特征總結(jié)[轉(zhuǎn)載]轉(zhuǎn)錄調(diào)控：轉(zhuǎn)錄因子特征總結(jié) 典型的轉(zhuǎn)錄因子功能示意圖(Schematic of a prototypical TF). 轉(zhuǎn)錄因子一般具有兩種結(jié)構(gòu)域： 1. DNA-bindi...
-
FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析诵冒？
前天同事幫領(lǐng)導(dǎo)寫基金凯肋，看文獻(xiàn)找思路，突然問我能不能幫她分析一下數(shù)據(jù)汽馋，我看了一下數(shù)據(jù)是FPKM的文件侮东。第一反應(yīng)是可以圈盔。我就試試了一下。 1.數(shù)據(jù)下載 2悄雅、差異基因分析 3.如何...
