目標 通過varscan等找到somatic mutations之后陨簇，想看多個樣本的突變之間的交集。bcftools是用來處理vcf文件彼哼，可以進行各種相關(guān)的處理和分析对妄。 軟件...
發(fā)簡信
IP屬地：云南
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bcftools 處理vcf文件芜壁，尋找多個vcf文件中突變的交集
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Seurat中Featureplot的問題I used Featureplot to get the visualization of my srobj. I found cells were not sorted...
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inferCNV相關(guān)思考（配對樣本剪菱、多樣本問題 ）由于層次聚類的問題（數(shù)據(jù)量太大的時候，層次聚類的速度很慢拴签，同時會報堆錯誤孝常，出現(xiàn)內(nèi)存溢出），inferCNV的不能處理大批量的數(shù)據(jù)篓吁。另外茫因，對于來源于不同病人的樣本，inferC...
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建議最好開一個aws的云主機杖剪，感覺他們對于亞馬遜的支持比較好冻押，對于國內(nèi)非常不友好，而且使用conda環(huán)境也容易出奇怪的
問題環(huán)境設置
使用nextflow盛嘿，主要有2種方式： 本地安裝 如果你熟悉docker和git洛巢，或者離線工作模式，這是首選的方式次兆； 使用gitpod稿茉，這對于初學者友好，因為這個平臺包含了所...
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環(huán)境設置使用nextflow芥炭，主要有2種方式： 本地安裝 如果你熟悉docker和git漓库，或者離線工作模式，這是首選的方式园蝠； 使用gitpod渺蒿，這對于初學者友好，因為這個平臺包含了所...
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HPC上使用nextflow的建議
Nextflow是開發(fā)科學工作流程在HPC系統(tǒng)上使用的強大工具彪薛。它提供了一種簡單的解決方案茂装，以一種便攜式的方式使用優(yōu)雅的反應式/函數(shù)式編程模型來部署大規(guī)模的并行化工作負載。 ...
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染色體異常與其在有絲分裂時的位置相關(guān)在細胞核中的位置預示著染色體異常 單細胞分析表明善延，染色體在細胞核中的 3D 位置有助于它們參與與癌癥相關(guān)的基因組重排的可能性少态。 正常人類細胞的每條染色體都有兩份拷貝。相比之下...
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nextflow-簡單訓練-歡迎語
歡迎 歡迎來到 Nextflow 培訓工作坊 我們很高興能夠與您一起探索使用 Nextflow 編寫可重復和可擴展的科學工作流程的道路歧强。本指南是 Nextflow 完整文檔的...
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文件命名規(guī)范
整體思想： （1）機器可讀（2）人可讀（3）排序與默認排序類似部分原則：（1）名字不帶空格（2）最好不大小寫敏感，所有文件都轉(zhuǎn)換成大寫或者小寫后为肮，不能有重名文件摊册；（3）連字符...
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要是有人也有相同的問題，歡迎一起吐槽
Y9000X吐槽記錄
22年底買了Y9000X颊艳，i7+3060茅特，拼多多上車。感覺這個機器的電池棋枕、厚度以及顏值都好評白修，但是它也有一堆毛病。（1）只要開啟了legion zone的igpu的自動或者開...
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Y9000X吐槽記錄22年底買了Y9000X重斑，i7+3060兵睛，拼多多上車。感覺這個機器的電池窥浪、厚度以及顏值都好評祖很，但是它也有一堆毛病。（1）只要開啟了legion zone的igpu的自動或者開...
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微信公眾號：office技能精選。<br>專注分享Office辦公軟件技能骨稿，間歇性分享一些有趣好玩的事笨鸡，一個你值得關(guān)注的公眾號。
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學到了坦冠，正好需要
R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧
本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧形耗。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖辙浑，要求低值...
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@Hayley他整個數(shù)據(jù)集都卡的這么多趟脂，都50%的MT了還剩下啥
文獻學習067--[sc]肝癌免疫微環(huán)境和中性粒細胞異質(zhì)性
張澤民大佬剛剛online的nature，來學習一下例衍。 原發(fā)性肝癌(primary liver cancer, PLC)有三種主要的組織學亞型-肝細胞癌(hepatocell...
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MT比例直接卡到50%，這結(jié)果做出來真的靠譜嗎已卸？
文獻學習067--[sc]肝癌免疫微環(huán)境和中性粒細胞異質(zhì)性
張澤民大佬剛剛online的nature佛玄，來學習一下。 原發(fā)性肝癌(primary liver cancer, PLC)有三種主要的組織學亞型-肝細胞癌(hepatocell...
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區(qū)分旁觀者T細胞與腫瘤反應性T細胞（一）文獻標題： Bystander CD8+ T cells are abundant and phenotypically distinct in human tumour i...
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infercnv需要的R包rjags的安裝
error: installing source package 'rjags' ...** package 'rjags' successfully unpacked an...
