空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)合多模態(tài)數(shù)據(jù)進(jìn)行空間數(shù)據(jù)分析正在成為熱點(diǎn)企孩，包括昨天剛介紹的METI和今天的文章婚陪。 近日贩汉，《Nature Communications》又發(fā)表了一篇關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組分...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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生信算法||新算法酝润，soScope結(jié)合多模態(tài)數(shù)據(jù)進(jìn)行空間分辨率增強(qiáng) -
生信算法||新算法，METI結(jié)合HE圖像深入研究TME近日屠升，《Nature Communications》發(fā)表了一篇關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組腫瘤微環(huán)境研究的創(chuàng)新性的算法（形態(tài)增強(qiáng)型空間轉(zhuǎn)錄組分析集成器（METI））恬惯，非常值得學(xué)習(xí)。 目錄 ...
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R語(yǔ)言||干貨烤咧！tidyverse包-數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換dplyr包進(jìn)階R-tidyverse包-數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換dplyr包進(jìn)階 R語(yǔ)言||干貨偏陪！tidyverse包-數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換dplyr包進(jìn)階 目錄 [TOC] 簡(jiǎn)介 Dplyr（https://dpl...
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綜述||單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組頂級(jí)期刊最新綜述單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的火爆，推動(dòng)了數(shù)據(jù)集的指數(shù)級(jí)增長(zhǎng)煮嫌，大型細(xì)胞圖譜的構(gòu)建笛谦，也正準(zhǔn)備促進(jìn)向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的轉(zhuǎn)變。在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中昌阿，特定細(xì)胞和轉(zhuǎn)錄本的存在和比例將指導(dǎo)疾病分類饥脑、治療...
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這個(gè)世界流行離開(kāi)灶轰，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心闯捎，又辜負(fù)了努力
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文獻(xiàn)速遞||cell2location軟件聯(lián)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞映射同名gzh：BBio //前言 對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組的組織駐留細(xì)胞類型的復(fù)雜映射仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)椰弊。原因之一是器官間細(xì)胞的巨大多樣性许溅，包括無(wú)數(shù)細(xì)粒細(xì)胞類型，如免疫細(xì)胞秉版、免疫細(xì)胞贤重、基質(zhì)細(xì)胞...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之十一（CellTrek）hello，大家好清焕，又是周一并蝗，新一周的開(kāi)始，第一天分享一個(gè)簡(jiǎn)單的內(nèi)容秸妥，就是一個(gè)新的單細(xì)胞空間分析的軟件滚停，CellTrek，這個(gè)軟件最新的地方在于添加了細(xì)胞之間的共定位分析粥惧，文...
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R語(yǔ)言||rstatix包和ggpubr包復(fù)現(xiàn)標(biāo)注統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)顯著性的各種花樣的圖形同名公主號(hào)：BBio rstatix包支持管道符键畴，與tidyverse包設(shè)計(jì)理念相一致，用于執(zhí)行基本的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)突雪，包括t檢驗(yàn)起惕、Wilcoxon檢驗(yàn)、ANOVA咏删、Kruskal-...
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R語(yǔ)言||reshape2包在長(zhǎng)寬數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換中的用法
同名公主號(hào)：BBio reshape2包最常用的場(chǎng)景就是長(zhǎng)數(shù)據(jù)和寬數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換惹想，兩個(gè)函數(shù)即可搞定。作者也是tidyverse的作者督函，Rstudio項(xiàng)目的首席科學(xué)家Hadley ...
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R語(yǔ)言||最豐富的數(shù)據(jù)清洗工具tidyverse包同名公主號(hào)：BBio tidyverse包實(shí)際上就是一些常用R包的集合嘀粱，包括ggplot2（可視化）、dplyr（數(shù)據(jù)操作）辰狡、tidyr（數(shù)據(jù)）對(duì)齊锋叨、tibble（更現(xiàn)代的數(shù)...
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@NightWalker0815 +1相除不就是log后相減嗎
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組/AverageExpression平均表達(dá)是個(gè)啥
AverageExpression gzh：BBio Seurat中用于計(jì)算cluster基因平均表達(dá)值的函數(shù)，為啥這個(gè)結(jié)果和FindMarkers中差異倍數(shù)avg_logF...
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@Alisa_1855 是的
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組/FindMarkers
FindMarkers gzh：BBio 對(duì)分群結(jié)果進(jìn)行差異基因鑒定的函數(shù)搓译，理想情況下悲柱，對(duì)于每群細(xì)胞來(lái)說(shuō)锋喜，marker基因都位于上調(diào)基因的前列些己。 avg_logFC 結(jié)果中a...
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文獻(xiàn)速遞||空間轉(zhuǎn)錄組-時(shí)空組學(xué)聯(lián)盟4篇Stereo-seq模式物種文章歡迎關(guān)注同名公主號(hào)：BBio 2020年《Nature Methods》雜志將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評(píng)選為Method of the year，時(shí)至今日嘿般，空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用已然如浪潮一般...
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PhenoGraph聚類算法
背景&思想 PhenoGraph算法的輸入是一個(gè)N X D的矩陣段标， 把這個(gè)矩陣中的行劃分到類別中，使得類別間的差異大于類別內(nèi)的差異炉奴。 我們的假設(shè)是逼庞，這些類別代表具有生物學(xué)意義...
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分析流程||Seurat空間轉(zhuǎn)錄組分析流程歡迎關(guān)注同名公主號(hào)：BBio 流程包括單切片的基本分析、scRNA整合瞻赶、多切片整合赛糟。 參考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
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文獻(xiàn)速遞||腫瘤篇-通過(guò)多區(qū)域單細(xì)胞測(cè)序描繪肺腺癌的空間和細(xì)胞結(jié)構(gòu)歡迎關(guān)注同名公主號(hào)：BBio //文獻(xiàn) 2021年發(fā)表于Cancer Discovery派任，影響因子39.397，典型的幾乎純分析的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章璧南。 Resolving th...
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文獻(xiàn)速遞||R包DropletUtils-基于droplet的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)cell calling方法歡迎關(guān)注同名公主號(hào)：BBio 10X也是基于此文獻(xiàn)的掌逛，考古一下，學(xué)習(xí)區(qū)分空載和真實(shí)細(xì)胞大體思路司倚。 當(dāng)時(shí)已經(jīng)存在的一些方法會(huì)假設(shè)含有細(xì)胞的GEMs會(huì)有更高的UMI總數(shù)豆混，并以UM...
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分析思考||單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中實(shí)驗(yàn)步驟對(duì)分析有哪些影響歡迎關(guān)注同名公主號(hào)：BBio 一個(gè)好的數(shù)據(jù)就該和10X官網(wǎng)中3k pbmc的數(shù)據(jù)一樣，分析起來(lái)如此絲滑动知。技術(shù)缺陷和實(shí)驗(yàn)步驟究竟制造了哪些問(wèn)題皿伺，而生信又該如何解決呢？在此從細(xì)胞...
