下面的內容是根據(jù)知乎上一篇帖子實踐整理的确垫，感謝原主崖飘。 在excel里面怎么把一列數(shù)據(jù)轉化為幾行幾列的表格马胧？ 如果是一列數(shù)據(jù)（1-18) 轉化為多行多列(比如3行6列)殿衰，先填滿...
發(fā)簡信
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excel的小技巧集合 -
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mcmctree進行分化時間的估算以下內容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html枯怖、前研究組師妹的總結資料和MCMCTree tutorial...
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貝葉斯法進行系統(tǒng)發(fā)育分析（2）分布的思想以下內容非原創(chuàng)， 來自Sam Houston State University 的 Christopher Randle教授來組上交流時的材料翻譯萍桌。本人翻譯和學術能力有限宵溅，僅...
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linux系統(tǒng)批量修改文件名的方法
返回的測序文件的文件名比較長，如何進行簡化上炎？ 比如文件名為F397_L3_110A10.R1.fastq.gz恃逻，想要改為F397.R1.fastq.gz 使用循環(huán)： for ...
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昆蟲分類學講習班第一講 線粒體基因組淺談以下是對宋凡老師（中國農業(yè)大學）講座的筆記和個人總結 1 線粒體基因組是什么？ 線粒體是重要細胞器藕施，主要功能是生物供能寇损。 線粒體基因組為雙鏈環(huán)狀DNA，其作為分子標記的優(yōu)點包...
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物種搜索網站
記錄一下自己用過的裳食，和別人推薦的物種信息的檢索網站： 生物 Discover Life: https://www.discoverlife.org/ 植物 Plants of...
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@清暮微涼 這里的二代數(shù)據(jù)就是全基因組數(shù)據(jù)润绵，可以組裝出線粒體，
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經歷胞谈，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）尘盼。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因為葉綠體和線粒體是多拷貝的烦绳，...
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線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經歷卿捎，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)径密，因為葉綠體和線粒體是多拷貝的午阵，...
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這個是翻譯的國外一位教授的課件，不是原創(chuàng)哈享扔。進度很慢底桂，因為后面的部分自己也沒有讀懂。收了贊賞和兩個幣惧眠，感覺被激勵了籽懦，你有沒有為了兩個幣拼過命??
貝葉斯法進行系統(tǒng)發(fā)育分析（1）貝葉斯思想
以下內容非原創(chuàng)， 來自Sam Houston State University 的 Christopher Randle教授來組上交流時的材料翻譯氛魁。本人翻譯和學術能力有限暮顺，僅...
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細胞器基因組的組裝和注釋（Getorganelle ）之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）秀存。 用到的軟件為Getorganelle和Mitofinder捶码，這里先介紹Ge...
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HYphy
Hyphy的官網:https://www.hyphy.org/about/ Hyphy(Hypothesis Testing using Phylogenies)是一個通過系...
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codeml的理論和實踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來惫恼，好難。 參考文獻： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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@冰冰化了 是partitionfinder得出來的best_scheme.txt文件中Raxml相關的部分澳盐，詳見http://www.reibang.com/p/1a0214ef79a7
RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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RAxML建最大似然樹教程（Linux）
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Anaconda的安裝和使用（Linux系統(tǒng)）
1 安裝Miniconda #下載安裝包 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x...
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NCBI上下載SRA數(shù)據(jù)以下內容主要參考了簡書教程：http://www.reibang.com/p/0694fcb77157 什么是 SRA祈纯？ sra數(shù)據(jù)就是NCBI網站上能夠下載到的二代測序的...
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