Sequence Logo是如何畫出來的呢酌摇？ 作者：snail審稿：童蒙編輯：amethyst 計算PFM 還是以MEME example中第一個的Motif結(jié)果[https...
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Motif可視化——從PFM矩陣到sequence logo
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PyMol ：精準(zhǔn)測量分子距離稿黍，讓你的結(jié)構(gòu)分析快人一步末盔！榴蓮?fù)?2014 在結(jié)構(gòu)生物學(xué)的世界里淘邻，原子間的距離決定著相互作用的強(qiáng)弱棋返，也蘊(yùn)藏著生命活動的奧秘纯蛾。而 PyMol 作為一款功能強(qiáng)大的可視化軟件幸逆，為我們打開了通往微觀世界的大...
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CHIMERAX的使用通過Chimerax Userguide 和tutorial 的學(xué)習(xí)記錄 基本鼠標(biāo)操作 鼠標(biāo)左鍵移動——默認(rèn)旋轉(zhuǎn) 鼠標(biāo)滾輪——放大縮小 shift+ 鼠標(biāo)左鍵移動 / ctr...
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【陪你學(xué)·生信】六巡雨、當(dāng)你有一段待分析的氨基酸序列
這一推送將簡單介紹： 1.尋找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域 2.簡單預(yù)測序列的理化性質(zhì) 4. 預(yù)測蛋白酶降解位點(diǎn) 5.預(yù)測卷曲螺旋區(qū)域（coiled-coil domains） 6. 預(yù)測翻...
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基因組重復(fù)序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具闰渔，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測注釋的方式铐望。下文除了RepeatMasker的使...
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病毒正二十面體對稱結(jié)構(gòu)：病毒學(xué)常見概念 I
我對病毒學(xué)的喜愛冈涧，受先生影響。雖拜先生門下正蛙，但這些年與先生相處時間并不多炕舵。有時匆匆見一面，先生無意間提及的一個病毒學(xué)概念跟畅，我都會花不少時間去查閱資料咽筋，以加深印象。正如今天我要...
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用二代測序分析軟件來跑一代的結(jié)果
2013年左右徊件，二代測試開始崛起奸攻，不到一年大有橫掃測序行業(yè)的勢頭。記得當(dāng)時二代測序服務(wù)公司的業(yè)務(wù)員到我們實(shí)驗(yàn)室推銷業(yè)務(wù)虱痕，宣傳冊十分“高大上”的樣子睹耐，一問價格，內(nèi)心直哆嗦部翘。但當(dāng)...
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RoseTTAFold-蛋白質(zhì)預(yù)測的“平凡之路”在個人筆記本win10自帶子linux系統(tǒng)下硝训，運(yùn)行基于CPU運(yùn)算的RoseTTAFold 避開uniref30、BFD這兩個超大數(shù)據(jù)包的下載及解壓 提供便捷的pyRosett...
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干貨 | 全基因組CRISPR文庫篩選數(shù)據(jù)分析——MAGeCKFlute近年來，全基因組CRISPR文庫篩選技術(shù)被廣泛應(yīng)用于腫瘤及病毒相關(guān)調(diào)控因子篩選窖梁。通過同時sgRNA文庫同時敲除全基因組的不同基因赘风，經(jīng)流式或藥物篩選目的細(xì)胞表型，并擴(kuò)增sgRN...
