前言 1.1948 年，香農(nóng)提出了“信息熵”(shāng)； 2.信息量的度量就等于不確定性的多少必怜。即：要搞懂一個(gè)非常非常不確定（gaoleng）的女孩（或是說(shuō)我們一無(wú)所知的...
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如何使用R計(jì)算香農(nóng)熵眯停？ -
貝葉斯共定位軟件coloc前言 這篇文章的書(shū)寫(xiě)耻矮，是受啟發(fā)于《post-GWAS：使用coloc進(jìn)行共定位分析(Colocalization)》考杉，目的是想了解一下軟件coloc是如何巧妙的運(yùn)用貝葉斯方法...
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R包MetaboAnalystR安裝指南（Linux環(huán)境非root）前言 這是代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的一個(gè)R包袋哼，包括用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析逐抑、可視化和功能注釋等眾多功能膏燕。最近有同事在集群中搭建蛋白和代謝流程钥屈，安裝這個(gè)包出現(xiàn)了問(wèn)題，于是我折騰了一上午坝辫。 ...
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scRNA-Seq | Seurat 安裝和輸入數(shù)據(jù)類(lèi)型
一篷就、安裝及載入 1.直接安裝 BiocManager 安裝 devtools 安裝 conda 安裝如果上述步驟嘗試不可行，請(qǐng)嘗試下面方法用 conda 安裝 R 及 Seu...
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黃金簡(jiǎn)史：從最初到最后導(dǎo)讀 今年一季度金價(jià)飆升超過(guò)13%未辆，全球最大的黃金ETF SPDR Gold持金量在二季度增加了211.9噸，增幅接近22%锯玛，這反映出投資者對(duì)黃金的高需求咐柜。 黃金，折射出人世...
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中文文本標(biāo)注工具調(diào)研以及BRAT安裝使用背景：最近的工作需要對(duì)文本先進(jìn)行標(biāo)注攘残，然后才可以做接下來(lái)的文本分類(lèi)工作拙友。其中主要內(nèi)容是對(duì)一段文本打標(biāo)簽，標(biāo)記該文本描述了一個(gè)我們預(yù)定義的種類(lèi)標(biāo)簽肯腕。 原來(lái)文本數(shù)量少的時(shí)候可以手...
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生信小白一枚实撒，<br><br>有問(wèn)題可以私信我，<br><br>謝謝涉瘾。
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單體型圖譜簡(jiǎn)介（1）單體型概念及起源 單體型的概念 一個(gè)染色體區(qū)域中所有相關(guān)聯(lián)的SNP等位基因的集合或位于染色體上某一區(qū)域的一組相關(guān)聯(lián)的SNP等位位點(diǎn)被稱(chēng)為一個(gè)單體(haplotype)知态。 如：...
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如何將Bert句向量應(yīng)用于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中
Bert開(kāi)源了預(yù)訓(xùn)練的中文模型,如果你想直接使用Bert模型生成句子向量(當(dāng)做一個(gè)黑盒),并用于深度學(xué)習(xí)模型中,本文將給出一個(gè)作者親自實(shí)踐的實(shí)例.本文內(nèi)容只針對(duì)于實(shí)踐,并不會(huì)...
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命名實(shí)體識(shí)別不只有BiLSTM+CRF
最近做命名實(shí)體識(shí)別（NER）的任務(wù)比較多负敏，也剛剛接觸NER不久，做一下小小的總結(jié)秘蛇。近兩年中文命名實(shí)體識(shí)別在信息抽取和關(guān)系抽取上的應(yīng)用受到了研究人員的廣泛關(guān)注其做，很多比賽也以NE...
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跟著代碼理解BERT中的優(yōu)化器AdamW（AdamWeightDecayOptimizer）引言 最近依舊在做命名實(shí)體識(shí)別的任務(wù)顶考，一直在想如何能在保證效率的前提下，提升BERT+BiLSTM+CRF這個(gè)主流模型的準(zhǔn)確率妖泄【匝兀“ 達(dá)觀杯 ”的獲獎(jiǎng)方案中有的隊(duì)伍使用了Loo...
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10x Genomics PBMC（一）：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序分析 (Chromium)概述
最近有人問(wèn)起單細(xì)胞測(cè)序分析的問(wèn)題，我確實(shí)沒(méi)有做過(guò)蹈胡，就先來(lái)學(xué)習(xí)一下吧渊季。先在搜狗微信找到一些介紹引用一下： 單細(xì)胞測(cè)序有著漫長(zhǎng)的過(guò)去，卻只有短暫的歷史—-誰(shuí)說(shuō)的罚渐！ 說(shuō)她漫長(zhǎng)是因?yàn)?..
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R語(yǔ)言進(jìn)行GSEA分析先加載R包 第一步：差異分析 首先是用limma包做差異分析的過(guò)程 這里由于做的時(shí)候是FPKM數(shù)據(jù)却汉，所以參考了生信技能樹(shù)的教程： 第二步：獲取基因集 MSigDB可以方便地獲...
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看題目點(diǎn)進(jìn)來(lái)看看，想轉(zhuǎn)發(fā)給孩子荷并，感覺(jué)你寫(xiě)的不深合砂，沒(méi)有認(rèn)真寫(xiě)，你真的清華大學(xué)的學(xué)生璧坟，不是清華池的
e901db3f20d8 評(píng)論自清華的學(xué)生怎么學(xué)習(xí) -
首發(fā)公號(hào)：國(guó)家基因庫(kù)大數(shù)據(jù)平臺(tái)
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R語(yǔ)言S4對(duì)象介紹
編程對(duì)象簡(jiǎn)介 R雖然有S3雀鹃、S4幻工、(RC)Reference classes 三個(gè)面向?qū)ο蟮南到y(tǒng)和一個(gè)多由C語(yǔ)言構(gòu)建的基本類(lèi)型(base types)，但是一般S3就能夠滿足...
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生信軟件安裝神器 Mamba [conda加速器~]簡(jiǎn)介[#toc_0] Mamba是在c++中對(duì)conda的重新實(shí)現(xiàn),可以認(rèn)為是更高級(jí)的conda黎茎。有以下特點(diǎn)使用多線程并行下載數(shù)據(jù)和package囊颅，實(shí)現(xiàn)更高效的安裝libso...
個(gè)人介紹
“Every day I remind myself that my inner and outer life are based on the labors of other men, living and dead, and that I must exert myself in order to give in the same measure as I have received and am still receiving.”Quote by Albert Einstein.