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可能是最全的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫匯總（2023更新版本）
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R繪圖(4): 散點(diǎn)圖添加相關(guān)系數(shù)/回歸方程
屬于比較常用的技巧。下面我用ggplot2內(nèi)置數(shù)據(jù)集進(jìn)行演示： 先來看一下后豫，僅有散點(diǎn)和擬合線的圖 如果想添加擬合的方程，可以使用ggpmisc包的stat_poly_eq()...
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ggplot散點(diǎn)圖加相關(guān)系數(shù)計算一組數(shù)據(jù)有沒有相關(guān)性以及相關(guān)程度時，可以使用cor()，以及cor.test()計算顯著性梁棠，如下所示，我們想計算這兩種花的長度有沒有相關(guān)性伍掀。 我們可以手動將計算的相關(guān)系數(shù)...
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第2周：RNA-seq數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐原文來源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
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maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式：分析時間序列的RNA-seq tool[http://www.reibang.com/p/ad76dcfdf840]掰茶，這...
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【陳巍學(xué)基因-4】單細(xì)胞DNA測序
歡迎關(guān)注公眾號：oddxix 自從二代測序技術(shù)出現(xiàn)暇藏，把一次實(shí)驗(yàn)測許多條DNA序列的這個難題解決之后蜜笤，一次把一個人的全基因組給測出來，最極限的情況盐碱，就是樣本量就是少到一個細(xì)胞把兔，...
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55-caret包學(xué)習(xí)：預(yù)處理函數(shù)1沪伙、創(chuàng)建虛擬變量 caret包通過model.matrix()、dummyVars()或其他方式將因子轉(zhuǎn)換為虛擬變量县好。dummyVars()可用于從一個或多個因子變量生成一個...
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58-caret包應(yīng)用簡短實(shí)例Caret包(即Classification And REgression Training的縮寫)围橡，包含簡化復(fù)雜的回歸和分類問題模型訓(xùn)練過程的功能。 1缕贡、導(dǎo)入數(shù)據(jù)并分割數(shù)據(jù)...
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57-caret包支持訓(xùn)練的模型及其參數(shù)列表
來源：http://topepo.github.io/caret/available-models.html 模型method 值類型依賴包調(diào)優(yōu)參數(shù)AdaBoost Clas...
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56-caret包學(xué)習(xí)：模型訓(xùn)練與調(diào)優(yōu)1翁授、模型訓(xùn)練與參數(shù)優(yōu)化 在進(jìn)行建模時，需對模型的參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化晾咪，在caret包中其主要函數(shù)是train收擦。一旦定義了模型和調(diào)優(yōu)參數(shù)值，就應(yīng)該指定重采樣的類型谍倦。目前塞赂，k折交叉驗(yàn)證重...
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54-caret包學(xué)習(xí)：數(shù)據(jù)分割與可視化1、caret包簡介 caret是(Classification And REgression Training)的縮寫昼蛀，該函數(shù)集試圖簡化創(chuàng)建預(yù)測模型的過程宴猾，包括的工具如下：...
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一起看文獻(xiàn)吧-菜鳥團(tuán)一周文獻(xiàn)推薦(No.5)
文章題目：Understanding and predicting disease relationships through similarity fusion 文章鏈接：...
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R語言機(jī)器學(xué)習(xí)-caret介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合，它試圖對創(chuàng)建預(yù)測模型的過程進(jìn)行流程化叼旋。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
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scale函數(shù)默認(rèn)對每一列（樣本）內(nèi)部歸一化仇哆？
請問一下，scale到底是對每一個樣本進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化夫植，還是應(yīng)該對每一個基因進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化税产，感覺您這邊好像寫錯了？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個表達(dá)矩陣
轉(zhuǎn)載來自：劉小澤 鏈接：http://www.reibang.com/p/e659a2f164f7[http://www.reibang.com/p/e659a2f164...
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ggtree學(xué)習(xí) 第一章2：樹文件的操作原文鏈接： 2 Manipulating Tree with Data[https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter2.html...
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ggtree學(xué)習(xí) 第一章：樹文件的輸入偷崩、輸出和操作原文鏈接《 Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees[https://yu...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)載來自：劉小澤 鏈接：http://www.reibang.com/p/e659a2f164f7[http://www.reibang.com/p/e659a2f164...
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R語言基礎(chǔ)入門(11) summarise匯總數(shù)據(jù)
本節(jié)來介紹dplyr中的重要函數(shù)count辟拷，summarise，group_by count count 統(tǒng)計觀察次數(shù) 也可以在一個count()語句中添加多個變量 summ...
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【批次效應(yīng)】combat現(xiàn)在其實(shí)已經(jīng)有很多處理批次效應(yīng)的方法阐斜，有基本基于中心值和方差調(diào)整的衫冻，也有的利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，或者機(jī)器學(xué)習(xí)（例如cell-blast的生成對抗網(wǎng)絡(luò)）的方法的谒出。 下面這個研究比較了6...
