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1.JTK 使用metacycle包進(jìn)行JTK的分析史侣，其實(shí)metacycle包中可選的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...

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前面介紹了好幾個(gè)R包惊橱，有做振蕩檢測的Metacycle包，對周期限制的比較松税朴，也有做cosinor分析的，限定周期為24小時(shí)家制。下面解釋幾個(gè)網(wǎng)頁版的工具1.BIO_CYCLE ...

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前面我們主要介紹的都是做cosinor分析的，下面介紹幾個(gè)只是用來檢測振蕩是否顯著的R包颤殴，畢竟多掌握點(diǎn)使用工具總是好的 1.Rain::rain rain()使用非參數(shù)方法檢...

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cosinor分析之前已經(jīng)介紹過兩個(gè)了（cosinor，cosinor2）涵但，其實(shí)R中還有三個(gè)包可以進(jìn)行cosinor分析（card::cosinor，season::cosi...

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前面我們已經(jīng)介紹了cosinor差異分析最常用的兩個(gè)包：cosinor和cosinor2包矮瘟，這兩個(gè)包其實(shí)已經(jīng)做得非常好了，就是還有一點(diǎn)點(diǎn)缺陷澈侠，下面一起來看看它們的缺陷： 1....

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Linux與生活中常用的Windows系統(tǒng)有著本質(zhì)的區(qū)別；下面看一下百度百科對Linux的定義。 Linux是一套免費(fèi)使用和自由傳播的類Unix操作系統(tǒng)烧栋，是一個(gè)基于POSIX...

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GOplot 包通過封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結(jié)果。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 來自文章Nolan et a...

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1. Anaconda 與 Conda 是什么醇坝？ 1.1 什么是 Anaconda Anaconda 是一個(gè)用于python/R科學(xué)計(jì)算和機(jī)器學(xué)習(xí)的開源工具(也稱為Pytho...

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1. Anaconda 與 Conda 是什么呼猪？ 1.1 什么是 Anaconda Anaconda 是一個(gè)用于python/R科學(xué)計(jì)算和機(jī)器學(xué)習(xí)的開源工具(也稱為Pytho...

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問題 你想要?jiǎng)?chuàng)建基本的條形圖與線圖 方案 想要使用ggplot2繪制圖形，數(shù)據(jù)必須是一個(gè)數(shù)據(jù)框宋距，而且必須是長格式轴踱。 基本圖形，離散x-axis 使用條形圖淫僻，條形的高度通常代表...

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數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來的一個(gè)必不可少的步驟。ggplot2是一個(gè)非常常見的繪圖R包雳灵，在文獻(xiàn)中，我們常常會看見用漂亮箱線圖來展示原始數(shù)據(jù)的分布闸盔。這里我們就用一個(gè)基因表達(dá)...

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本筆記內(nèi)容：最近工作中遇到的分析需求：按照要求的分組畫boxplot和PcoA的散點(diǎn)圖。對畫各種圖的實(shí)現(xiàn)方法迎吵，一些具體問題的解決方法等躲撰。Long data和wide data...

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1 背景 細(xì)胞染色體中的基因并不是所有都是活躍表達(dá)的荧缘，只是只有一部分基因是可以表達(dá)皆警，而表達(dá)的中間過程就要經(jīng)歷mRNA轉(zhuǎn)錄本，通過高通量測序截粗，我們就能得知：哪些基因是活躍可以表...

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ATAC-Seq簡介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...

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時(shí)間生物學(xué)研究的復(fù)雜性在于，除了遺傳學(xué)背景意推、環(huán)境因素以及干預(yù)方式的變異豆瘫，還需要考慮上時(shí)間這個(gè)維度。因此菊值，通過標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)學(xué)手段外驱，機(jī)械地整合不同背景下的數(shù)據(jù)，很難對廣泛存在的晝夜...