雙細(xì)胞是指由于實(shí)驗(yàn)原因德召，在單細(xì)胞微流控等流程中某個液滴中含有2個及以上的細(xì)胞阁吝，而在同一個液滴中的細(xì)胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode巡语，從而會被認(rèn)為是一個細(xì)胞的偽...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細(xì)胞去除（DoubletFinder, scDblFinder) -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder起因：最近有個問題樣本桃熄，跑完cellranger款违，樣本的cellranger結(jié)果如下油猫，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)夕凝。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中铃绒，線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高鸽照，用scDb...
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ggplot2學(xué)習(xí)（四）ggplot2基礎(chǔ)（4）——主題 ggplot2基礎(chǔ)（1）[http://www.reibang.com/p/06a5763de24a]ggplot2基礎(chǔ)（2）——坐標(biāo)軸[...
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蛋白ID轉(zhuǎn)基因ID
將Ensembl 中的蛋白ID轉(zhuǎn)化成基因ID,可以通過clusterProfiler這個包。如以大鼠的基因與蛋白轉(zhuǎn)化為例;安裝clusterProfiler與大鼠org.Rn...
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RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom...
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【shell筆記>命令】linux簡單命令速覽
ls -F可以輕松區(qū)分文件和目錄 ls -F -R -R為遞歸選項(xiàng)颠悬，它會列出當(dāng)前目錄 ?表示一個字符 *代表0或多個字符 cp -i會詢問是否覆蓋已有文件 cp -R可以遞歸...
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玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論矮燎，通過表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所傳遞的信息在GWAS研究中赔癌，Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖诞外，它們可以把跟研究的性狀（比如，基因型和身高）顯著相關(guān)的基因位點(diǎn)清晰地展現(xiàn)出來灾票，不少讀者朋友應(yīng)該...
