最近在搞基因組胰挑，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2瞻颂、raven脚粟、mecat2、flye等組裝就可以了蘸朋。 組裝完畢后，contig掛載成染色體藕坯，可以采用高密度遺傳連...
IP屬地：廣東
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利用Juicer v2.0掛載染色體
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ilus: 這是我寫的一個(gè)輕量級(jí)全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實(shí)踐分析流程生成器不知覺間噪沙，距離我寫下第一篇關(guān)于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對(duì)人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考正歼。時(shí)間管理某一點(diǎn)：能自動(dòng)化的工作盡量自動(dòng)化辐马，不要時(shí)間用在毫無意義的重復(fù)上。腦袋好比肌肉局义，需要不斷提高負(fù)重的鍛煉才能達(dá)到“有...
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hic分析之 hic-pro 介紹與安裝
一、hic-pro是什么萄唇，參考網(wǎng)頁： [GitHub] https://github.com/nservant/HiC-Pro[DOCUMENTATION] http://n...
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RNA-Seq：差異表達(dá)分析及可視化上一篇已經(jīng)系統(tǒng)介紹了有參RNASeq上游分析，從測序數(shù)據(jù)fastq文件到最終生成表達(dá)矩陣另萤。這一系列基本都是RNASeq通用常規(guī)分析湃密，其下游差異表達(dá)及可視化則根據(jù)需求及...
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先癌蚁，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa兜畸；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論咬摇，通過表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標(biāo)記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...
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我的GWAS學(xué)習(xí)筆記上個(gè)月中旬肛鹏，出于對(duì)GWAS的好奇，我參加了一個(gè)培訓(xùn)班恩沛，之后又花了一周的時(shí)間來整理聽課筆記在扰，感覺現(xiàn)在對(duì)GWAS已經(jīng)有了一個(gè)比較全面的認(rèn)識(shí)。 在call SNP之后雷客，做GWAS之...
