主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程细疚，以菜鳥干貨為主，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
IP屬地：廣東
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利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組丢早，前面contig的組裝難度不大姨裸，用wtdbg2、raven、mecat2啦扬、flye等組裝就可以了中狂。 組裝完畢后，contig掛載成染色體扑毡，可以采用高密度遺傳連...
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不加也能得到
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組胃榕，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2瞄摊、raven勋又、mecat2、flye等組裝就可以了换帜。 組裝完畢后楔壤，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
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@c5dfd8fa3016 幾分鐘就可以了
RagTag, 快速錨定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一個升級惯驼，可對cont...
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注意基因名稱里不能有. 特殊字符盡量替換成_ 否則很容易報(bào)錯
jcvi作圖二（共線性）
一：數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 還是用到上一步生成的ath.aly.anchors和ath.aly.anchors.new文件 1. 創(chuàng)建如下三個文件 seqids: 需要展現(xiàn)哪些序列 lay...
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大神可以寫的詳細(xì)一些蹲嚣，正要學(xué)習(xí)分子鐘計(jì)算?
比較基因組從入門到放棄（4）
今兒來講一哈利用Paml計(jì)算收到正選擇的基因因?yàn)楹芏嗟幕?Ka/Ks 都要小于1 我們用P值來定義是否受到正選擇 軟件用到的是singularity 的paml 容器 之后...
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膜拜大神，正要進(jìn)行wes分析
ilus: 這是我寫的一個輕量級全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實(shí)踐分析流程生成器
不知覺間祟牲，距離我寫下第一篇關(guān)于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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ilus: 這是我寫的一個輕量級全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實(shí)踐分析流程生成器不知覺間隙畜，距離我寫下第一篇關(guān)于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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寫的真好议惰，請問大神，這些腳本哪里可以下載到乡恕？
比較基因組從入門到放棄（1）
記錄一下比較基因組一部分內(nèi)容言询。 下載相關(guān)物種的ref_fa及gff 提取其對應(yīng)的cds和pep文件 對兩個文件進(jìn)行處理及過濾 運(yùn)行orthofinder
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不設(shè)置染色體
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后蛋哭，下一步就是將contig提升到染色體水平县习。對于二倍體物種而言，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個軟件谆趾。 一：工作流程 使用3D...
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大佬躁愿，3d-dna組裝的染色體數(shù)目（n=15）和物種數(shù)目（n=24）不一致怎么辦？
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后沪蓬，下一步就是將contig提升到染色體水平彤钟。對于二倍體物種而言，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個軟件跷叉。 一：工作流程 使用3D...
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RagTag作為RaGOO的繼任者，已經(jīng)發(fā)布了帖世，更新真快
使用RaGOO進(jìn)行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標(biāo)休蟹。我們通常使用遺傳圖譜，光學(xué)圖譜日矫，HiC這些技術(shù)提供的信息將contig進(jìn)行排序連接...
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正需要這個軟件赂弓，太及時了
使用RaGOO進(jìn)行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標(biāo)。我們通常使用遺傳圖譜哪轿，光學(xué)圖譜盈魁，HiC這些技術(shù)提供的信息將contig進(jìn)行排序連接...
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從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考窃诉。時間管理某一點(diǎn)：能自動化的工作盡量自動化杨耙，不要時間用在毫無意義的重復(fù)上。腦袋好比肌肉褐奴，需要不斷提高負(fù)重的鍛煉才能達(dá)到“有...
