背景 當(dāng)處理臨床樣本的數(shù)據(jù)框時(shí)沛贪，列名是樣本名（SID）炫彩，而有些樣本可能來源于同一病人苞俘，我們希望將來源于同一病人的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合（本例為求平均），變?yōu)橐涣邢绯幔纱松梢粋€(gè)列名為病人...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
-
R語言 -- 如何將數(shù)據(jù)框中具有相同列名或具有相同特征的列名的列整合為一列
-
努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
-
Gephi安裝（Java安裝）Gephi是一款常用的網(wǎng)絡(luò)圖可視化軟件嫁赏，運(yùn)行需要依賴Java環(huán)境其掂。 Gephi安裝 軟件下載地址：https://gephi.org/users/download/ 下載以后...
-
gephi中文版(網(wǎng)絡(luò)分析軟件) Gephi下載與安裝 功能特色
gephi是一款簡(jiǎn)單實(shí)用的網(wǎng)絡(luò)分析軟件，該軟件基于JVM制作潦蝇，可以幫助用戶們?cè)诟鞣N網(wǎng)絡(luò)和復(fù)雜系統(tǒng)對(duì)數(shù)據(jù)款熬、鏈接深寥、社交網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析，讓用戶們可以輕松獲取自己所需的內(nèi)容贤牛，此外軟件還...
-
Gephi 官方手冊(cè)：一款關(guān)系可視化網(wǎng)絡(luò)圖工具的簡(jiǎn)明教程Gephi 和網(wǎng)絡(luò)圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡(luò)圖工具：Gephi惋鹅。 你可能沒聽過 Gephi，但說起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data殉簸，一定不陌生闰集。 在這兩款的數(shù)...
-
R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
-
如何批量預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子
如何批量預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子 前一段時(shí)間看文獻(xiàn)，想預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子般卑，搜索發(fā)現(xiàn)Y叔的clusterProfiler的R包具有批量預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的功能返十，用R包自帶的數(shù)據(jù)，可以運(yùn)行椭微，但是用自己的...
-
模型可解釋性（SHAP)SHAP含義：觀察到某一個(gè)樣本的預(yù)測(cè)中各個(gè)特征對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果產(chǎn)生的影響洞坑。 基本思想：計(jì)算一個(gè)特征加入到模型時(shí)的邊際貢獻(xiàn)，然后考慮到該特征在所有的特征序列的情況下不同的邊際貢獻(xiàn)蝇率，取...
-
R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細(xì)胞浸潤分析的方法迟杂。該方法通過將每個(gè)樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與特定的基因集（免疫細(xì)胞基因集）進(jìn)行比較，來估計(jì)該基因集在該樣本中的相對(duì)富集程度本慕。 2. 使...
-
TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
-
-
GSA涂身、GSEA、ssGSEA搓蚪、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一蛤售、 簡(jiǎn)述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中悍抑，基因集分析（Gene Set Analysis...
-
你好鳄炉，但是我的ES得分很低，不超過1搜骡，那這條通路還有意義嗎拂盯？還是要把ES得分校準(zhǔn)一下，然后用校準(zhǔn)后的NES呢记靡？
GSA谈竿、GSEA、ssGSEA摸吠、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別
一空凸、 簡(jiǎn)述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生寸痢。其中呀洲，基因集分析（Gene Set Analysis...
-
你好滓窍，計(jì)算出來這個(gè)ES得分低沒有影響嗎？
ssGSEA算法原理及應(yīng)用TCGA數(shù)據(jù)
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應(yīng)用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
-
ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤分析背景 GSEA巩那、GSVA吏夯、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之間的區(qū)別即横？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣噪生！一列基因名/ENTREZ ...
