組學(xué)分析之ChIP-Seq璃氢，蛋白質(zhì)修飾骑脱。這里是佳奧刘绣，我們進(jìn)入新一篇章的學(xué)習(xí)咸灿！ 首先根據(jù)生信技能樹(shù)的課程思維導(dǎo)圖簡(jiǎn)要列出實(shí)戰(zhàn)分析的流程： sra-tools：下載測(cè)序數(shù)據(jù) fa...
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【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】一、數(shù)據(jù)分析流程 -
【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】二沮尿、軟件安裝和公共數(shù)據(jù)下載這里是佳奧摸吠！ 到了數(shù)據(jù)下載這一步空凸，之前我都是在NCBI上直接用瀏覽器下載，不過(guò)有的數(shù)據(jù)尋找鏈接比較耗時(shí)蜕便，這一次開(kāi)始我就使用sratoolkit來(lái)下載處理原始數(shù)據(jù)劫恒。 1 軟件安...
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pheatmap行標(biāo)簽順序大調(diào)整在科學(xué)論文中，我們經(jīng)常要用到熱圖轿腺。我們?cè)跓釄D在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用比較系統(tǒng)地介紹了熱圖的一般規(guī)則两嘴。但是在實(shí)際操作中還是會(huì)遇到一些細(xì)節(jié)問(wèn)題，如標(biāo)簽順序族壳。 我們知道一個(gè)好的熱圖...
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RSS指數(shù)及regulon細(xì)胞類型特異性RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡(luò)CSI評(píng)估基因關(guān)聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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pyscenic | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析憔辫，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本，相比R版本實(shí)現(xiàn)了分析速度上的巨大提升仿荆，尤其是最耗時(shí)的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建步驟贰您。實(shí)測(cè)時(shí)間如下，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一種能夠從單細(xì)胞 RNA-seq 數(shù)據(jù)（S...
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R語(yǔ)言可視化11: (sc)RNAseq 數(shù)據(jù)可視化 - dittoSeqdittoSeq 是一款對(duì)單細(xì)胞和批量 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和可視化的工具拢操，提供了多種可視化效果锦亦，并且允許自定義。對(duì)于單細(xì)胞數(shù)據(jù)令境，dittoSeq 直接處理在其他軟件包（...
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關(guān)于limma包c(diǎn)ontract martix上誰(shuí)比誰(shuí)的問(wèn)題在進(jìn)行數(shù)據(jù)分析時(shí),limma作為一個(gè)功能十分強(qiáng)大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差異分析杠园。但是在做差異分析的時(shí)候limm...
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seurat-AverageExpression()源碼解析前段時(shí)間，一個(gè)單細(xì)胞分析同行提問(wèn)舔庶，發(fā)現(xiàn)AverageExpression()和通過(guò)aggregate計(jì)算得到的基因表達(dá)均值抛蚁，兩者的結(jié)果是不一樣的，疑惑問(wèn)題出在哪里惕橙。 這個(gè)問(wèn)題...
