作者：ahworld鏈接：空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
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空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢 -
RNA-seq學(xué)習(xí)：No.5富集分析--ORF過表達(dá)1、基礎(chǔ)知識 （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因汤善、蛋白或者其他分子分到不同的類中诚啃，以減少分析的復(fù)雜度疆栏。比如之前差異...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后居扒，一般需要對查到的差異基因可視化领舰，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性四敞，進(jìn)行后續(xù)分析甲棍。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之leidenhello简识，大家好，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden感猛，其實大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到七扰，其中有一個參數(shù)algorit...
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cellranger參考數(shù)據(jù)庫gtf過濾（過濾gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html[h...
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monocle2 使用筆記1. 文獻(xiàn)怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細(xì)胞使用的策略還不一樣！ 中性粒細(xì)胞 neutrophil 是先subset出來陪白，去除污染細(xì)胞颈走，然后Seu...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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shot-gun宏基因組：KneadData質(zhì)控咱士，Kraken2Bracken物種分類立由，HUMAnN3功能注釋導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新司致，這里搭建目前比較受認(rèn)可的流程拆吆，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
