作者:ahworld鏈接:空轉分析代碼備忘錄:seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
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1、基礎知識 (1)基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因、蛋白或者其他分子分到不同的類中异希,以減少分析的復雜度队询。比如之前差異...
1.背景 單細胞數據分析在進行完細胞自聚類或者細胞類型注釋后格遭,一般需要對查到的差異基因可視化淆珊,用來顯示基因和細胞群的相關性突勇,進行后續(xù)分析涮因。當然Seurat和scanpy本身可...
hello废睦,大家好,今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden养泡,其實大家在看Seurat的函數FindClusters可能會觀察到嗜湃,其中有一個參數algorit...
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html[h...
1. 文獻怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細胞使用的策略還不一樣! 中性粒細胞 neutrophil 是先subset出來澜掩,去除污染細胞购披,然后Seu...
導讀 使用 HUMAnN2(The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2)進行宏基因組學分析刚陡。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
導讀 第一次做宏基因組還是在2018年蝙云,現(xiàn)在2021很多軟件數據庫大更新,這里搭建目前比較受認可的流程路召,即用Kneaddata(trimmomatic bowtie2) kr...
單細胞富集分析系列: 單細胞之富集分析-1:單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2:批量...
scRNAseq免疫細胞注釋: 免疫細胞注釋-1:T細胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2:髓系細胞[http...
處理單細胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題贮懈。那如何將不同器官,不同測序平臺优训,不同物種之間的單細胞數據進行整合分析呢朵你?Scanpy使用python語言構建了一套完整的單細胞分...
Scanpy 是一個基于 Python 分析單細胞數據的軟件包,內容包括預處理揣非,可視化抡医,聚類,擬時序分析和差異表達分析等。https://genomebiology.biom...
軌跡分析系列: 單細胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細胞之軌跡分析-2:mono...
之前的timeROC曲線圖在:(本來這里應該有個鏈接忌傻,可是已經被封了大脉,又不讓放別的平臺的鏈接,所以放不了了水孩。)剛剛對它進行了一點調整和升級镰矿。 1.輸入數據 需要有3列,生存時...
軌跡分析系列: 單細胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析(Pseudot...
我只能說俘种,溫故而知新秤标,每看一遍都會有新的感悟
單細胞數據處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后,矩陣默認會變成SCT矩陣宙刘,如果不加設置苍姜,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
參考文獻:Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...