榴蓮?fù)?2014 在結(jié)構(gòu)生物學(xué)的世界里件余，原子間的距離決定著相互作用的強(qiáng)弱良姆，也蘊(yùn)藏著生命活動(dòng)的奧秘肠虽。而 PyMol 作為一款功能強(qiáng)大的可視化軟件，為我們打開了通往微觀世界的大...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
-
PyMol ：精準(zhǔn)測(cè)量分子距離鼻百，讓你的結(jié)構(gòu)分析快人一步！ -
PLIP: 如何分析蛋白質(zhì)和配體相互作用?榴蓮?fù)?2014 蛋白質(zhì)和配體之間的相互作用就像一把鑰匙開一把鎖玛追，只有完美契合才能發(fā)揮最佳效果税课。想要設(shè)計(jì)出高效的藥物闲延，深入了解這些相互作用至關(guān)重要。 今天韩玩，我們將以 PD-...
-
如何在 Pymol 中顯示蛋白表面電荷?榴蓮?fù)?2014 一垒玲、 蛋白質(zhì)表面電荷的重要性 蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的主要承擔(dān)者，其結(jié)構(gòu)與其功能息息相關(guān)找颓。蛋白質(zhì)的表面電荷分布對(duì)其折疊合愈、穩(wěn)定性以及與其他分子（例如其他蛋白質(zhì)、配...
-
基于孟德爾隨機(jī)化的多發(fā)性硬化癥潛在蛋白藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)
榴蓮?fù)?2014 導(dǎo)讀 通過孟德爾隨機(jī)化分析發(fā)現(xiàn)击狮，F(xiàn)CRL3佛析、TYMP、AHSG彪蓬、MMEL1 和 SLAMF7 是多發(fā)性硬化癥的新藥物潛在靶標(biāo)寸莫。 作為一種復(fù)雜的自身免疫病，...
-
基于 CADD 的 Nipah 病毒與奎諾酮衍生物的藥物研發(fā)導(dǎo)讀 Nipah 病毒（NiV）是一種單鏈档冬、負(fù)義膘茎、高致死率的 RNA 病毒。在印度和孟加拉國(guó)酷誓，其致死率高達(dá) 70-80%辽狈，但目前尚無(wú)美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）認(rèn)可的藥物...
-
基于 CADD 的新型 HDAC3 抑制劑的發(fā)現(xiàn)與優(yōu)化導(dǎo)讀 研究者通過藥效團(tuán)模型和 3D QSAR 研究，篩選并優(yōu)化 HDAC3 抑制劑呛牲。 ?? HDAC3 是一種表觀遺傳調(diào)節(jié)因子，與多種癌癥和神經(jīng)退行性疾病的過表達(dá)有關(guān) ??? 對(duì)...
-
DBPP-Predictor: 新型藥物相似性評(píng)分導(dǎo)讀 DBPP-Predictor 通過整合物理化學(xué)和 ADMET 屬性驮配，提出了一種新型的預(yù)測(cè)策略娘扩。 在外部驗(yàn)證集上，DBPP-Predictor 展現(xiàn)出卓越的泛化能力壮锻，其 ...
-
隨機(jī)森林模型如何提升多肽分子對(duì)接準(zhǔn)確性?導(dǎo)讀 通過隨機(jī)森林分類器琐旁，提高多肽分子對(duì)接的準(zhǔn)確性。 近年來(lái)猜绣，60 種多肽藥物在主要市場(chǎng)獲批和超過 150 種多肽進(jìn)行臨床試驗(yàn)灰殴，多肽治療領(lǐng)域受到廣泛關(guān)注。 然而掰邢，傳統(tǒng)對(duì)接評(píng)分...
-
基于圖的可解釋性深度學(xué)習(xí)在抗生素發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用導(dǎo)讀 ?為應(yīng)對(duì)抗生素抗耐藥性困局牺陶，發(fā)現(xiàn)新型抗生素結(jié)構(gòu)類別顯得尤為迫切。在探索化學(xué)空間時(shí)辣之，傳統(tǒng)的深度學(xué)習(xí)方法多采用難以提供化學(xué)理解的「黑盒」模型掰伸。本研究運(yùn)用一種可解釋的、基于子...
-
BANANA：快速高效的虛擬篩選模型導(dǎo)讀 通過整合 ChEMBL 活性數(shù)據(jù)和 CrossDocked 的靶點(diǎn)信息怀估，BigBind 數(shù)據(jù)集在 BANANA 模型的輔助下狮鸭，有效提高了虛擬篩選的成效合搅。 ?? BigBi...
-
E2EATP：提高蛋白質(zhì)-ATP 結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的新模型導(dǎo)讀 E2EATP 模型通過應(yīng)用蛋白語(yǔ)言模型，提升了 ATP 結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的速度與準(zhǔn)確性歧蕉。 ?? 蛋白-ATP 結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別的重要性 ?? 現(xiàn)有計(jì)算方法的不足：受限于特征表示的質(zhì)...
-
基于結(jié)構(gòu)的機(jī)器學(xué)習(xí)在激酶藥物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用導(dǎo)讀 模板對(duì)接法生成的激酶-配體復(fù)合物數(shù)據(jù)能顯著提升基于結(jié)構(gòu)的 E(3)-不變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（GNN）在預(yù)測(cè)結(jié)合親和力方面的精度灾部。 在現(xiàn)代藥物發(fā)現(xiàn)流程中，機(jī)器學(xué)習(xí)模型廣泛用于探索...
-
AQFEP: 基于機(jī)器學(xué)習(xí)的自由能微擾在藥物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用榴蓮?fù)?2014 導(dǎo)讀 基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)其優(yōu)勢(shì)在于能夠快速惯退、經(jīng)濟(jì)地探索龐大化學(xué)空間赌髓，篩選出有潛力的配體以進(jìn)行深入實(shí)驗(yàn)研究。 相對(duì)自由能微擾（RFEP）及類似方法雖是結(jié)合親...
-
基于結(jié)構(gòu)的 GPCR 藥物設(shè)計(jì)中 IFD-MD 方法和 FEP+計(jì)算的聯(lián)合應(yīng)用導(dǎo)讀 在該研究中蒸痹，研究者首先對(duì)最新的誘導(dǎo)契合對(duì)接技術(shù) IFD-MD 進(jìn)行了回溯驗(yàn)證春弥。選取公開的 GPCR 實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)作為驗(yàn)證對(duì)象，研究顯示 95%的交叉對(duì)接產(chǎn)生的構(gòu)象在前兩個(gè)預(yù)...
-
DeepProSite：基于 ESMFold 和預(yù)訓(xùn)練語(yǔ)言模型的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)今天給大家介紹一篇 2023 年發(fā)表在 Bioinformatics 上的文章, 標(biāo)題為:《DeepProSite: structure-aware protein bind...