參考網站R獲取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集使用R進行Gene Ontology(GO)富集分析過程中如何導出某一特定GO詞條下所有的...
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下載GO/KEGG某一pathway的genelist -
single cell marker 基因數據庫在單細胞轉錄組測序中一個重要的方面就是定義聚類得來的cluster，一個思考的方向就是根據marker基因來定義cluster的細胞類型（cell type）。怎樣才能建立c...
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時候我們想看某一特定通路的富集情況，這時就需要獲取該通路的基因集玩般。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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統(tǒng)計-R(相關系數)與R^2(決定系數)傻傻分不清讀文獻時，有時求相關系數携狭，有時求擬合優(yōu)度，到底都是什么呢回俐？ 先給結論逛腿，R與R^2沒有關系，就如同標準差與標準誤差沒有關系一樣仅颇。 1. 相關系數（R） 定義：變量之間線性相關的...
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轉錄組時間序列數據處理針對轉錄組數據单默，平時分析中最常見兩組之間的比較，比如不同處理或者不同突變體忘瓦。面對這樣的數據用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多雕凹。如果樣本量或者不同條件很多的話可...
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流式細胞儀分析技術及應用在2019年的三月份我正式開始做單細胞相關研究工作，有趣的同時也是朋友我們經常誤會的是：你是不是用流式細胞術政冻？而我在得知自己要做這單細胞（single cell ）的研究時枚抵，...
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat畫fig2Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞[http://www.reibang.com/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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DoHeatmap畫熱圖時應該注意的點日常瞎掰 ??通過標題大家已經知道今天我們分享的主要內容了。DoHeatmap這個函數來自于Seurat包明场，處理過單細胞的人應該都知道這個函數就是用來畫每個cluster的m...
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R語言可視化（四十）：網絡圖繪制40. 網絡圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 使用igraph包繪制網絡圖 使用ggraph包繪制網絡圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網絡圖
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細胞通訊實戰(zhàn)演練參考鏈接：CellPhoneDB官方文檔[https://www.cellphonedb.org/explore-sc-rna-seq]單細胞數據高級分析——解碼細胞通信網絡...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實踐，當然如果能對你有所幫助那就更好了舟舒，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數據 2 標準化(normalization)：D...
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君子之心事秃励，天青日白氏仗；不可使人不知；君子之才華夺鲜，玉韞珠藏皆尔，不可使人易知。
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表觀遺傳學-組蛋白修飾一币励、染色體簡介 DNA Packing 1慷蠕、如何將10,000公里長的蠶絲(半徑~10e-5米)裝入一個籃球中。2食呻、蠶絲的體積：3.14*10e-3 m33流炕、折疊澎现、纏繞......
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表觀遺傳如何“表觀”？眾所周知每辟，細胞通過各種來源的新陳代謝對染色質進行調控是表觀修飾的一種重要方式昔头，這展示了環(huán)境與細胞穩(wěn)態(tài)維持之間的關系。細胞通過動態(tài)地修改DNA和組蛋白上特定核苷酸或氨基酸殘基影兽，...
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Seurat Weekly NO.17 || 一個R包的CNS之路seurat發(fā)展歷史揭斧，cns之路 在單細胞數據分析中，特別是對初學者來說峻堰，Seurat是一個教科書級別的工具讹开。至于這個用來分析單細胞多組學的工具為什么叫這個名字，我想捐名，與它問...
