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寫了個簡單的程序用于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的和整合茄袖，包含的合并方法有以下幾種：1.CCA（基于Seurat）2.Harmony3.FastMNN（基于batchelor）4.scVI...

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這里的特斯拉不是電動車坝橡，是一個最近（May 17，2023）發(fā)表在Cell Systems 上的一個用于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的工具精置。TESLA (Tumor Edge Stru...

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特征選取直接決定模型表現(xiàn)计寇，所以特征選取過程是不是有點模糊和主觀呢？都用機器學習了脂倦，不應(yīng)該堅持到底嗎饲常？

環(huán)境與健康系列(四)——利用隨機森林算法和公開歷史數(shù)據(jù)解析日照市2013-2019年空氣污染特征

本文共計約七千字，讀完大概需要20分鐘狼讨。 謹以此文獻給我的26歲生日和這片土地。 一柒竞、背景介紹 山東省既是總GDP名列中國第三的經(jīng)濟大省政供、人口過億的人口大省，也是能源消耗...

山后客

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不好意思衅檀，好久沒登錄了，剛看見你的信息霎俩。spliced和unspiced 時需要將RNA-seq原始數(shù)據(jù)進一步處理得到的哀军，你可以用Starsolo ，也可以使用 velocyto 處理得到打却。具體請查閱相關(guān)教程杉适。至于anndata里保存哪個數(shù)據(jù)，如果手動轉(zhuǎn)換柳击，你是可以指定的猿推，我不確定使用sceasy轉(zhuǎn)換時什么情況，應(yīng)該是都轉(zhuǎn)過去了捌肴，分成了不同的layer蹬叭，你可以自己試試看。

CellRank

---我不生產(chǎn)代碼状知，我只是個代碼的搬運工秽五。 今天來盤盤這個新工具，這個工具的一大優(yōu)點就是在有或者沒有splicing數(shù)據(jù)的時候饥悴，都可以用筝蚕，效果如何卦碾， 還在用自己的數(shù)據(jù)評測中。...

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最近在做一個SCENIC 下游的分析樱拴，看到了一個叫CSI（Connection specificity index）的東西，大概的原理就是利用AUC的分數(shù)通過pearson相...

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---我不生產(chǎn)代碼洋满，我只是個代碼的搬運工晶乔。 今天來盤盤這個新工具，這個工具的一大優(yōu)點就是在有或者沒有splicing數(shù)據(jù)的時候牺勾，都可以用正罢，效果如何， 還在用自己的數(shù)據(jù)評測中驻民。...

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修改cluster的標簽前翻具，先要確認當下的默認ident是哪個:假設(shè)有個seurat object 叫做scRNA： 如果該默認ident需不是想要進行操作的，需要更改為想進...

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作為一個多細胞去除工具回还，DoubletFinder似乎很流行呛占，另外有文章指出，這個工具相對于其他同類競品工具具有優(yōu)勢懦趋，詳見此文： https://www.sciencedir...

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AddModuleScore 和AUCell 的本質(zhì)區(qū)別就是算法不同仅叫，不明白你為什么說“AddModuleScore函數(shù)僅僅是對選定的基因進行評分帜篇，其意義有限”，你把AddModuleScore 用的基因集換成AUCell 用的Hallmark诫咱，不一樣嗎笙隙？求解

跟著Cell學單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細胞基因評分|AUCell評分

更多精彩請至我的公眾號《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評分是在一篇文章中，也不知道這樣的叫法對不對坎缭，作者選定了幾個炎癥基因竟痰，利用seurat包的一個打分函數(shù)AddMod...

KS科研分享與服務(wù)

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就是想吐槽一下莽鸿，實在不明白以下這些包的作者想的是啥昧旨， 難道就是為了發(fā)個文章了事嗎？ 1.scDeepSort Nucleic Acids Research, Volume 4...