發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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For a tutorial using Visium data that includes the graph analysis functions, have a look at Analyze Visium H&E data. The dataset used here consists of a Visium slide of a coronal section of the mouse brain. The original dataset is publicly available at the 10x genomics dataset portal . Here, we provide a pre-processed dataset, with pre-annotated clusters, in anndata.AnnData format and the tissue image in squidpy.im.ImageContainer format.
img = sq.im.ImageContainer('visium_fluo_crop.tiff')10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析回顧之squidpy
新的一年室梅，新的開始棒口，既然選擇了前方损敷，只顧風(fēng)雨兼程欧宜。 這一次宁脊，我們來繼續(xù)回顧一下空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件-------squidpy断国，當(dāng)然了，我們主要關(guān)注10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容...
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Seurat - 合并兩組數(shù)據(jù)---Combining Two 10X Runs
Compiled: 2021-02-08 In this vignette, we will combine two 10X PBMC datasets: one conta...
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Seurat：計(jì)算cluster的細(xì)胞比例和繪制堆疊條形圖
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)榆苞； table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型稳衬，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
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Seurat3||整合方法merge()與IntegrateData()隨著單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的成熟碧信，越來越多的研究者選擇應(yīng)用該技術(shù)來闡釋手上的生物學(xué)問題。同時(shí)單細(xì)胞也不再是單樣本單物種單器官的技術(shù)街夭，往往會(huì)用到多樣本整合分析的技術(shù)砰碴，這方面Seurat...
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凍存樣品對(duì)單細(xì)胞測(cè)序影響大嗎呈枉？在我們做單細(xì)胞分離過程中，導(dǎo)師千叮嚀萬囑咐說樣品不能凍存埃碱，而我在一次會(huì)議論壇上有一位學(xué)者直接說凍存基本沒有影響 2019年12月31日（真是抓住了2019的小尾巴２琛），英國W...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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周運(yùn)來，男羡藐，長大了才會(huì)遇到的帥哥贩毕，穩(wěn)健，瀟灑仆嗦，大方耳幢，靠譜。一段生信緣欧啤，一棵技能樹睛藻。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人邢隧，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者店印，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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跑通GWAS倒慧，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析按摘，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方纫谅，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識(shí) 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析（一）：從raw reads到peaks開篇致謝：下面內(nèi)容的整個(gè)框架是跟著生信技能樹發(fā)布在bilibili上的ChIP-seq視頻學(xué)習(xí)的询吴，鏈接：https://www.bilibili.com/video/av29...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)唠摹，jimmy
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課程會(huì)在2019年9月底之前錄制完畢并上線： 課程說明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代碼在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 觀看鏈接 手機(jī)微信觀看（推薦）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 電腦瀏覽器的鏈接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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單因素Cox回歸循環(huán)function
麥子版本 有時(shí)候因?yàn)榛虮磉_(dá)量太低吼驶，導(dǎo)致分組時(shí)出現(xiàn)錯(cuò)誤惩激，解決如下。 cox_res<- as.data.frame(do.call('rbind', setNames(t(c...
