●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中棵红，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低故慈、連鎖不平衡等選擇印記综苔〈海●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號 -
GATK4.0-vqsr
轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
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基于單體型haplotypes的群體選擇信號的檢測——EHH & iHS
基于單體型haplotype的選擇信號的檢測轧叽。在selective sweeps選擇過程中勺疼，有些強烈受到選擇的位點variants由于LD的因素會連帶著其附近的位點varia...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中碌宴，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性忌怎，隨著環(huán)境變量的改變而變化籍滴，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析榴啸，也是多響應(yīng)變量（multi-...
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bayenv2.0 檢測環(huán)境相關(guān)變異位點bayenv是一種貝葉斯方法孽惰，通過檢測等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關(guān)性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來識別適應(yīng)當(dāng)?shù)丨h(huán)境的位點。該方法可以從一組基因組變異中估計種群之間...
